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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b87 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE | ||||||
要素 | PROTEIN (AMINOGLYCOSIDE N6'-ACETYLTRANSFERASE TYPE 1) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ACETYL COENZYME A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecium (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wybenga-Groot, L.E. / Berghuis, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of an aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase: defining the GCN5-related N-acetyltransferase superfamily fold. 著者: Wybenga-Groot, L.E. / Draker, K. / Wright, G.D. / Berghuis, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b87.cif.gz | 49.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b87.ent.gz | 36.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b87.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b87_validation.pdf.gz | 440 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b87_full_validation.pdf.gz | 441.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1b87_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b87_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/1b87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/1b87 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20602.066 Da / 分子数: 1 / 変異: VAL127GLU / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterococcus faecium (バクテリア) / 参照: UniProt: Q47764 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9809, 0.9795, 0.9792, 0.9770 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年1月15日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 6085 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rsym value: 12.7 / Net I/σ(I): 4.3 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.94 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 33.2 / % possible all: 88.9 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.127 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 88.9 % / Rmerge(I) obs: 0.332 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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