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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b65 | ||||||
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タイトル | Structure of l-aminopeptidase d-ala-esterase/amidase from ochrobactrum anthropi, a prototype for the serine aminopeptidases, reveals a new variant among the ntn hydrolase fold | ||||||
![]() | PROTEIN (AMINOPEPTIDASE) | ||||||
![]() | HYDROLASE / PEPTIDE DEGRADATION / NTN HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bompard-Gilles, C. / Villeret, V. / Davies, G.J. / Fanuel, L. / Joris, B. / Frere, J.M. / Van Beeumen, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A new variant of the Ntn hydrolase fold revealed by the crystal structure of L-aminopeptidase D-ala-esterase/amidase from Ochrobactrum anthropi. 著者: Bompard-Gilles, C. / Villeret, V. / Davies, G.J. / Fanuel, L. / Joris, B. / Frere, J.M. / Van Beeumen, J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of a new L-aminopeptidase-D-amidase/D-esterase activated by a Gly-Ser peptide bond hydrolysis. 著者: Bompard-Gilles, C. / Villeret, V. / Fanuel, L. / Joris, B. / Frere, J.M. / Van Beeumen, J. #2: ![]() タイトル: Structure of L-Aminopeptidase D-Ala-Esterase/ Amidase from Ochrobactrum Anthropi, a Prototype for the Serine Aminopeptidases,Reveals a New Variant Among the Ntn Hydrolase Fold 著者: Bompard-Gilles, C. / Villeret, V. / Davies, G.J. / Fanuel, L. / Joris, B. / Frere, J.M. / Van Beeumen, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 430.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 352.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 397.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 76.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40457.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LMG7991 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: pH 9.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→12.5 Å / Num. obs: 56600 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.058 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 473750 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 91.9 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→12.5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.169 / Num. reflection obs: 180391 / Num. reflection Rfree: 9535 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |