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万見
- PDB-1b5m: RAT OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE CYTOCHROME B5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b5m
タイトルRAT OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE CYTOCHROME B5
要素CYTOCHROME B5
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


Sphingolipid de novo biosynthesis / eNOS activation / Phase I - Functionalization of compounds / nitric-oxide synthase complex / nitrite reductase (NO-forming) activity / quinol-cytochrome-c reductase activity / nitric oxide biosynthetic process / enzyme activator activity / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle ...Sphingolipid de novo biosynthesis / eNOS activation / Phase I - Functionalization of compounds / nitric-oxide synthase complex / nitrite reductase (NO-forming) activity / quinol-cytochrome-c reductase activity / nitric oxide biosynthetic process / enzyme activator activity / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain ...: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome b5 type B
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rivera, M. / White, S.P. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: 13C NMR spectroscopic and X-ray crystallographic study of the role played by mitochondrial cytochrome b5 heme propionates in the electrostatic binding to cytochrome c.
著者: Rodriguez-Maranon, M.J. / Qiu, F. / Stark, R.E. / White, S.P. / Zhang, X. / Foundling, S.I. / Rodriguez, V. / Schilling 3rd., C.L. / Bunce, R.A. / Rivera, M.
履歴
登録1996年11月7日処理サイト: BNL
改定 1.01997年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME B5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2222
ポリマ－9,6061
非ポリマー6161
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.000, 30.000, 219.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME B5


分子量: 9605.570 Da / 分子数: 1 / 断片: WATER SOLUBLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FROM RAT OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: HEPATOCYTE / 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: OUTER MITOCHONDRIAL MEMBRANE / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRION / プラスミド: PET 11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASMIC SPACE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04166
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化手法: vapor diffusion with slow evaporation / pH: 6.5
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED BY VAPOR DIFFUSION TOGETHER WITH SLOW EVAPORATION USING 20% PEG 8000 IN 0.1M SODIUM CACODYLATE (PH = 6.5 WITH 0.2 M MAGNESIUM ACETATE., vapor diffusion with slow evaporation
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
220 %PEG80001reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir
40.2 Mmagnesium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年4月18日
放射モノクロメーター: DIAMOND C(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 3123 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 1.5
反射 シェル解像度: 2.7→3.05 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.088 / % possible all: 85
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85 % / Rmerge(I) obs: 0.088

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MRCHKモデル構築
TNT5E精密化
FRAMBOデータ削減
SADIEデータ削減
SAINTデータスケーリング
MRCHK位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B5C

3b5c
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.7→20 Å / Isotropic thermal model: TNT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
Rfactor反射数%反射
Rwork0.22 --
Rfree-3123 -
all-3123 -
obs-3123 96 %
溶媒の処理溶媒モデル: BSOL / Bsol: 99.7 Å2 / ksol: 0.79 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数676 0 43 0 719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0167440.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.910031.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d204120
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.007232
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0121045
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.996922
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0232510
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_plane_restr / Dev ideal: 0.012 / Weight: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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