[日本語] English
万見
- PDB-1b5f: NATIVE CARDOSIN A FROM CYNARA CARDUNCULUS L. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b5f
タイトルNATIVE CARDOSIN A FROM CYNARA CARDUNCULUS L.
要素(PROTEIN (CARDOSIN ...) x 2
キーワードHYDROLASE / ASPARTIC PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein storage vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / lipid metabolic process / lysosome / aspartic-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum / proteolysis / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain ...Saposin-like type B, region 1 / Saposin-like type B, region 1 / Saposin B type, region 2 / Saposin-like type B, region 2 / Saposin B type domain / Saposin-like / Saposin B type domain profile. / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Cynara cardunculus (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Frazao, C. / Bento, I. / Carrondo, M.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of cardosin A, a glycosylated and Arg-Gly-Asp-containing aspartic proteinase from the flowers of Cynara cardunculus L.
著者: Frazao, C. / Bento, I. / Costa, J. / Soares, C.M. / Verissimo, P. / Faro, C. / Pires, E. / Cooper, J. / Carrondo, M.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies of the Plant Aspartic Proteinase Cardosin A
著者: Bento, I. / Frazao, C. / Coelho, R. / Wilson, K. / Dauter, Z. / Carrondo, M.A.
#2: ジャーナル: Adv.Exp.Med.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystallization, Structure Solution, and Initial Refinement of Plant Cardosin-A
著者: Bento, I. / Coelho, R. / Frazao, C. / Costa, J. / Faro, C. / Verissimo, P. / Pires, E. / Cooper, J. / Dauter, Z. / Wilson, K. / Carrondo, M.A.
履歴
登録1999年1月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02020年9月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_branch_scheme.entity_id / _pdbx_branch_scheme.mon_id / _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 3.12023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CARDOSIN A)
B: PROTEIN (CARDOSIN A)
C: PROTEIN (CARDOSIN A)
D: PROTEIN (CARDOSIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3868
ポリマ－70,9694
非ポリマー3,4174
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PROTEIN (CARDOSIN A)
B: PROTEIN (CARDOSIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1124
ポリマ－35,4852
非ポリマー1,6282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8360 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14300 Å2
手法PISA
3
C: PROTEIN (CARDOSIN A)
D: PROTEIN (CARDOSIN A)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2744
ポリマ－35,4852
非ポリマー1,7902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.964, 87.186, 81.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-465-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.88365, -0.13686, 0.44769), (0.17004, -0.98483, 0.03456), (0.43617, 0.10666, 0.89352)
ベクター: 11.5136, 29.8693, -9.2541)

-
要素

-
PROTEIN (CARDOSIN ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 PROTEIN (CARDOSIN A)


分子量: 26042.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: RESIDUE NAMES ACCORDING TO PEPSIN NUMBERING AFTER A.R.SIELECKI, A.A.FEDOROV, A.BOODHOO, N.S.ANDREEVA, AND M.N.G.JAMES (1990).J.MOL.BIOL. 214, 143-170. NATIVE CARDOSIN A SEQUENCE DIFFERS FROM ...詳細: RESIDUE NAMES ACCORDING TO PEPSIN NUMBERING AFTER A.R.SIELECKI, A.A.FEDOROV, A.BOODHOO, N.S.ANDREEVA, AND M.N.G.JAMES (1990).J.MOL.BIOL. 214, 143-170. NATIVE CARDOSIN A SEQUENCE DIFFERS FROM THAT DEDUCED FROM CDNA THROUGH EXCISION OF THE PSI DOMAIN. MATURE CARDOSIN A IS FOUND IN A TWO CHAIN FORM DUE TO A POST-TRANSLATIONAL CLEAVAGE EVENT. A FIRST, 35 KD CHAIN COMPRISES RESIDUES 0/1 - 238 AND THE SECOND 15 KD CHAIN COMPRISES RESIDUES 243 - 326. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO CARDOSIN A MOLECULES. MOLECULE 1 HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *A* AND *B*, AND MOLECULE 2 HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *C* AND *D*. MOLECULE 1 COMPOSED BY CHAINS A(0-238) AND B (243-326). MOLECULE 2 COMPOSED BY CHAINS C(1-238) AND D (243-326). N-LINKED CARBOHYDRATES (RESIDUES 401-405 A AND 401-406 C) ATTACHED TO ASN 67. N-LINKED CARBOHYDRATES (RESIDUES 501-504 B AND 501-504 D) ATTACHED TO ASN 257.
由来: (天然) Cynara cardunculus (植物) / 器官: FLOWER;PISTIL / Organelle: STORAGE VACUOLES / 組織: PAPILLAR EPIDERMIS OF THE STIGMA
参照: EMBL: CAB4134, UniProt: Q9XFX3*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
#2: タンパク質 PROTEIN (CARDOSIN A)


分子量: 9441.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: RESIDUE NAMES ACCORDING TO PEPSIN NUMBERING AFTER A.R.SIELECKI, A.A.FEDOROV, A.BOODHOO, N.S.ANDREEVA, AND M.N.G.JAMES (1990).J.MOL.BIOL. 214, 143-170. NATIVE CARDOSIN A SEQUENCE DIFFERS FROM ...詳細: RESIDUE NAMES ACCORDING TO PEPSIN NUMBERING AFTER A.R.SIELECKI, A.A.FEDOROV, A.BOODHOO, N.S.ANDREEVA, AND M.N.G.JAMES (1990).J.MOL.BIOL. 214, 143-170. NATIVE CARDOSIN A SEQUENCE DIFFERS FROM THAT DEDUCED FROM CDNA THROUGH EXCISION OF THE PSI DOMAIN. MATURE CARDOSIN A IS FOUND IN A TWO CHAIN FORM DUE TO A POST-TRANSLATIONAL CLEAVAGE EVENT. A FIRST, 35 KD CHAIN COMPRISES RESIDUES 0/1 - 238 AND THE SECOND 15 KD CHAIN COMPRISES RESIDUES 243 - 326. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO CARDOSIN A MOLECULES. MOLECULE 1 HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *A* AND *B*, AND MOLECULE 2 HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *C* AND *D*. MOLECULE 1 COMPOSED BY CHAINS A(0-238) AND B (243-326). MOLECULE 2 COMPOSED BY CHAINS C(1-238) AND D (243-326). N-LINKED CARBOHYDRATES (RESIDUES 401-405 A AND 401-406 C) ATTACHED TO ASN 67. N-LINKED CARBOHYDRATES (RESIDUES 501-504 B AND 501-504 D) ATTACHED TO ASN 257.
由来: (天然) Cynara cardunculus (植物) / 器官: FLOWER;PISTIL / Organelle: STORAGE VACUOLES / 組織: PAPILLAR EPIDERMIS OF THE STIGMA
参照: EMBL: CAB4134, UniProt: Q9XFX3*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ

-
糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-4/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 1種, 528分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細MATURE CARDOSIN A IS FOUND IN A TWO CHAIN FORM DUE TO A POST-TRANSLATIONAL CLEAVAGE EVENT. A FIRST, ...MATURE CARDOSIN A IS FOUND IN A TWO CHAIN FORM DUE TO A POST-TRANSLATIONAL CLEAVAGE EVENT. A FIRST, 35 KD CHAIN COMPRISES RESIDUES 0/1 - 238 AND THE SECOND 15 KD CHAIN COMPRISES RESIDUES 243 - 326. THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO CARDOSIN A MOLECULES. MOLECULE 1 HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *A* AND *B*, AND MOLECULE 2 HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATORS *C* AND *D*.
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 5.5
詳細: LYOPHILIZED PROTEIN DISSOLVED IN WATER TO 12 MG/ML, SITTING DROPS OF PROTEIN SOLUTION AN ALIQUOTA OF PRECIPITANT SOLUTION, COMPOSED OF PEG 4 K 40%, SODIUM CITRATE BUFFER 0.1 M AND AMMONIUM ACETATE 0.2 M, pH 5.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Bento, I., (1998) Acta Cryst., D54, 991.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
240 %PEG40001reservoir
30.1 Msodium citrate1reservoirpH5.5
40.2 Mammonium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9091
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9091 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→34.78 Å / Num. obs: 84399 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HUMAN CATHEPSIN D (PDB ENTRY 1LYB))

1lyb


解像度: 1.72→34.8 Å / Num. parameters: 23395 / Num. restraintsaints: 27500 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: FUCOSE STEREOCHEMICAL TARGET PARAMETERS DERIVED FROM 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE PDB ENTRY 2MYR; MANNOSE STEREOCHEMICAL TARGET PARAMETERS DERIVED FROM 1.25 A ...StereochEM target val spec case: FUCOSE STEREOCHEMICAL TARGET PARAMETERS DERIVED FROM 1.6 A RESOLUTION STRUCTURE PDB ENTRY 2MYR; MANNOSE STEREOCHEMICAL TARGET PARAMETERS DERIVED FROM 1.25 A RESOLUTION STRUCTURE PDB ENTRY 2WEA; N- ACETYL-GLUCOSAMINE STEREOCHEMICAL TARGET PARAMETERS DERIVED FROM 1.5 A STRUCTURE PDB ENTRY 1LZB
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56. DISORDERED REGIONS THAT WERE MODELED STEREOCHEMICALLY: 75-78 CHAIN A AND 75-79 CHAIN C (FLAP); ...詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28 (1995)53-56. DISORDERED REGIONS THAT WERE MODELED STEREOCHEMICALLY: 75-78 CHAIN A AND 75-79 CHAIN C (FLAP); 46-46 CHAIN A AND 46-47 CHAIN C; 159-160 AND 160B CHAIN A. DISORDERED REGIONS THAT WERE MODELED STEREOCHEMICALLY: 75-78 CHAIN A AND 75-79 CHAIN C (FLAP); 46-46 CHAIN A AND 46-47 CHAIN C; 159-160 AND 160B CHAIN A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3994 4.8 %RANDOM
all0.206 83681 --
obs0.205 -99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 18 / Occupancy sum hydrogen: 4964 / Occupancy sum non hydrogen: 5754.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→34.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5000 0 229 528 5757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.038
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.045
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.069
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor Rwork: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.03

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る