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- PDB-1b5d: DCMP Hydroxymethylase from T4 (Intact) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b5d
タイトルDCMP Hydroxymethylase from T4 (Intact)
要素PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE)
キーワードTRANSFERASE / HYDROXYMETHYLASE / DNTP SYNTHESIZING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase / deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Deoxycytidylate hydroxymethylase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Song, H.K. / Sohn, S.H. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of deoxycytidylate hydroxymethylase from bacteriophage T4, a component of the deoxyribonucleoside triphosphate-synthesizing complex.
著者: Song, H.K. / Sohn, S.H. / Suh, S.W.
履歴
登録1999年1月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE)
B: PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6614
ポリマ－57,0462
非ポリマー6142
水2,720151
1
A: PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE)
B: PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE)
B: PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3228
ポリマ－114,0934
非ポリマー1,2294
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556-x+1/2,y+1/2,-z+11
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)176.230, 53.290, 75.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.628872, -6.0E-6, 0.777509), (2.0E-5, -1, -2.4E-5), (0.777509, 3.0E-5, -0.628872)
ベクター: 0.0039, 4.733, -0.018)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE) / EC 2.1.2.8 / DEOXYCYTIDYLATE HYDROXYMETHYLASE / DCMP HYDROXYMETHYLASE


分子量: 28523.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato
参照: UniProt: P08773, deoxycytidylate 5-hydroxymethyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-DCM / 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / dCMP


分子量: 307.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O7P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Song, S.H., (1999) Acta Crystallogr. D55, 1061. / pH: 8.73
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19 mg/mlprotein1drop
3100 0.9Tris-HCl1reservoir
40.9 Msodium citrate1reservoirpH8.73
2dCMP1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1998年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 28632 / % possible obs: 90 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843精密化
MADNESSデータ削減
FSSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 -5 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.16 28632 90 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4018 0 40 151 4209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.868
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor fileSerial no: 3 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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