PDB-1b5a: RAT FERROCYTOCHROME B5 A CONFORMATION, NMR, 1 STRUCTURE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1b5a

タイトル

RAT FERROCYTOCHROME B5 A CONFORMATION, NMR, 1 STRUCTURE

要素

FERROCYTOCHROME B5

キーワード

ELECTRON TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

Vitamin C (ascorbate) metabolism / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / response to cadmium ion / mitochondrial outer membrane / electron transfer activity / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Dangi, B. / Sarma, S. / Yan, C. / Banville, D. / Guiles, R.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: The origin of differences in the physical properties of the equilibrium forms of cytochrome b5 revealed through high-resolution NMR structures and backbone dynamic analyses.
著者: Dangi, B. / Sarma, S. / Yan, C. / Banville, D.L. / Guiles, R.D.

履歴

登録	1998年4月6日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2018年8月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_nmr_details ...entity_src_gen / pdbx_nmr_details / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _entity_src_gen.gene_src_genus / _entity_src_gen.host_org_genus ..._entity_src_gen.gene_src_genus / _entity_src_gen.host_org_genus / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.label / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure / _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.5	2024年4月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1b5a.cif.gz	44.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1b5a.ent.gz	30.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1b5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1b5a_validation.pdf.gz	452 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1b5a_full_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示
XML形式データ	1b5a_validation.xml.gz	4.6 KB	表示
CIF形式データ	1b5a_validation.cif.gz	5.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/1b5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/1b5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1b5bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ydf-1 3we2-2 2kkc-d 1sm7-d 5ydf-2 2lw4-d 3zzz-2 4p9e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: FERROCYTOCHROME B5

ヘテロ分子

11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 200	CLOSEST TO THE AVERAGE STRUCTURE, LOW TARGET FUNCTION
代表モデル	モデル #1	closest to the average structure, low target function

#1: タンパク質	FERROCYTOCHROME B5 分子量: 10813.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: HEME AS PROSTHETIC GROUP, WITH H63 AND H39 AS AXIAL LIGANDS 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PET3C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P00173
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	N15 3D NOESY-HMQC
1	5	1	N15 3D TOCSY-HMQC
1	6	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	7	1	HNCO
1	8	1	CBCA(CO)NH
1	9	1	HSQC
1	10	1	HCACO< HNHA

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE REPRESENTS THE A CONFORMATION OF THE RAT FERROCYTOCHROME B5. IT IS THE STRUCTURE CLOSEST TO THE AVERAGE AS ANALYZED BY X-PLOR. 200 STRUCTURES WERE CALCULATED USING DIANA 2.1 AND ...

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: [U-13C; U-15N] Cytochrome b5, 100 mM phosphate buffer, 0.5 mM TSP, pH 7.0, 90% H2O/10% D2O
詳細: The sample was reduced by purging with nitrogen prior to addition of sodium dithionite.
Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
	Cytochrome b5	[U-13C; U-15N]	1
100 mM	phosphate buffer	natural abundance	2
0.5 mM	TSP	natural abundance	3

試料状態

イオン強度: 100 mM / Label: sample_conditions / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 313 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	600	1
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	500	2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DIANA	2.1	WUTHRICH	精密化
DIANA	2.1	WUTHRICH	structure calculation
X-PLOR			精密化
X-PLOR			データ解析

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average structure, low target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: CLOSEST TO THE AVERAGE STRUCTURE, LOW TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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