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万見
- PDB-1b50: NMR STRUCTURE OF HUMAN MIP-1A D26A, 10 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b50
タイトルNMR STRUCTURE OF HUMAN MIP-1A D26A, 10 STRUCTURES
要素MIP-1A
キーワードCHEMOKINE / CYTOKINE / CHEMOTAXIS
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte chemotaxis / lymphocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / signaling / regulation of behavior / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation ...granulocyte chemotaxis / lymphocyte chemotaxis / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell migration / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / signaling / regulation of behavior / astrocyte cell migration / CCR5 chemokine receptor binding / eosinophil degranulation / regulation of sensory perception of pain / negative regulation of bone mineralization / CCR chemokine receptor binding / positive regulation of microglial cell activation / cell activation / T cell chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / eosinophil chemotaxis / response to cholesterol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / chemokine activity / phospholipase activator activity / macrophage chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / exocytosis / negative regulation of osteoclast differentiation / monocyte chemotaxis / Interleukin-10 signaling / cellular response to interleukin-1 / negative regulation by host of viral transcription / cytoskeleton organization / positive regulation of calcium-mediated signaling / neutrophil chemotaxis / positive regulation of interleukin-1 beta production / calcium-mediated signaling / response to toxic substance / cellular response to type II interferon / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / osteoblast differentiation / chemotaxis / calcium ion transport / positive regulation of neuron apoptotic process / MAPK cascade / positive regulation of tumor necrosis factor production / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / regulation of cell shape / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / inflammatory response / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING STARTING FROM RANDOM ATOM POSITIONS
データ登録者Waltho, J.P. / Higgins, L.D. / Craven, C.J. / Tan, P. / Dudgeon, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Identification of amino acid residues critical for aggregation of human CC chemokines macrophage inflammatory protein (MIP)-1alpha, MIP-1beta, and RANTES. Characterization of active ...タイトル: Identification of amino acid residues critical for aggregation of human CC chemokines macrophage inflammatory protein (MIP)-1alpha, MIP-1beta, and RANTES. Characterization of active disaggregated chemokine variants.
著者: Czaplewski, L.G. / McKeating, J. / Craven, C.J. / Higgins, L.D. / Appay, V. / Brown, A. / Dudgeon, T. / Howard, L.A. / Meyers, T. / Owen, J. / Palan, S.R. / Tan, P. / Wilson, G. / Woods, N.R. ...著者: Czaplewski, L.G. / McKeating, J. / Craven, C.J. / Higgins, L.D. / Appay, V. / Brown, A. / Dudgeon, T. / Howard, L.A. / Meyers, T. / Owen, J. / Palan, S.R. / Tan, P. / Wilson, G. / Woods, N.R. / Heyworth, C.M. / Lord, B.I. / Brotherton, D. / Christison, R. / Craig, S. / Cribbes, S. / Edwards, R.M. / Evans, S.J. / Gilbert, R. / Morgan, P. / Randle, E. / Schofield, N. / Varley, P.G. / Fisher, J. / Waltho, J.P. / Hunter, M.G.
履歴
登録1999年1月11日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月22日Group: Database references
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MIP-1A
B: MIP-1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3572
ポリマ－15,3572
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30CONVERGED LOW ENERGY 'PLATEAU' OF ENERGY DISTRIBUTION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 MIP-1A


分子量: 7678.577 Da / 分子数: 2 / 変異: D26A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P10147

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111ST
121ARD HETERONUCLEAR TECHNIQUES
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELLED MIP-1A. ADDITIONAL INTERMONOMER CONSTRAINTS WERE ACQUIRED USING A MIXED 13C/ 15N-12C/14N SAMPLE.

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試料調製

詳細内容: 10% H2O/90% D2O
試料状態イオン強度: NO ADDED SALT / pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 318 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING STARTING FROM RANDOM ATOM POSITIONS
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: CONVERGED LOW ENERGY 'PLATEAU' OF ENERGY DISTRIBUTION
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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