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万見
- PDB-1b4v: CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b4v
タイトルCHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES
要素PROTEIN (CHOLESTEROL OXIDASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOENZYME / STEROID METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol oxidase / cholesterol oxidase activity / steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / cholesterol catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / GMC oxidoreductase, C-terminal / Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain ...: / GMC oxidoreductase, C-terminal / Cholesterol Oxidase; domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cholesterol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vrielink, A. / Yue, Q.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Crystal structure determination of cholesterol oxidase from Streptomyces and structural characterization of key active site mutants.
著者: Yue, Q.K. / Kass, I.J. / Sampson, N.S. / Vrielink, A.
履歴
登録1998年12月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CHOLESTEROL OXIDASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7552
ポリマ－54,9701
非ポリマー7861
水11,962664
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.304, 72.964, 63.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CHOLESTEROL OXIDASE)


分子量: 54969.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FAD COFACTOR NON-COVALENTLY BOUND TO THE ENZYME / 由来: (天然) Streptomyces sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P12676, cholesterol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES SP FOUND IN THE SEQUENCE DATA BASE IS A ...THE SEQUENCE OF CHOLESTEROL OXIDASE FROM STREPTOMYCES SP FOUND IN THE SEQUENCE DATA BASE IS A PRECURSOR FORM OF THE ENZYME. THE MATURE ENZYME RUNS FROM RESIDUES 43 - 546. THE NUMBERING OF THE RESIDUES DIFFERS FROM THAT IN THE DATABASE DUE TO THIS DESCREPANCY IN THE SEQUENCE. IN ADDITION, THE NUMBERING HAS BEEN ADJUSTED TO CONFORM TO THAT FOUND IN THE STRUCTURE OF CHOLESTEROL OXIDASE FROM BREVIBACTERIUM STEROLICUM (ACCESSION CODE 3COX). THIS CHANGE IN THE NUMBERING SCHEME FACILITATES COMPARISONS OF THE TWO STRUCTURES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: PRECIPITANT CONDITIONS: 10- 12% PEG 8000, 100MM SODIUM CACODYLATE PH 5.2, 75MM MNSO4 PROTEIN CONCENTRATION 8.5MG/ML, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18.5 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
310-12 %(w/v)PEG80001reservoir
4100 mMsodium cacodylate1reservoir
575 mM1reservoirMnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 115 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→22.3 Å / Num. obs: 62747 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 0.31 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 30.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 402969

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3COX

3cox


解像度: 1.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 6343 10.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 62692 87.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3848 0 53 664 4565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.28
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.91.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.312
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.732.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4099 312 10.1 %
Rwork0.4162 2784 -
obs--34.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3FAD.PARAM2FAD.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rfree: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 12.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / % reflection Rfree: 10.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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