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万見
- PDB-1b4r: PKD DOMAIN 1 FROM HUMAN POLYCYSTEIN-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b4r
タイトルPKD DOMAIN 1 FROM HUMAN POLYCYSTEIN-1
要素PROTEIN (PKD1_HUMAN)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PKD DOMAIN 1 FROM HUMAN POLYCYSTEIN-1 / POLYCYSTIN (PRECURSOR)
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric distal tubule morphogenesis / nitrogen cycle metabolic process / polycystin complex / mesonephric tubule development / mesonephric duct development / lung epithelium development / metanephric ascending thin limb development / lymph vessel morphogenesis / mitocytosis / metanephric proximal tubule development ...metanephric distal tubule morphogenesis / nitrogen cycle metabolic process / polycystin complex / mesonephric tubule development / mesonephric duct development / lung epithelium development / metanephric ascending thin limb development / lymph vessel morphogenesis / mitocytosis / metanephric proximal tubule development / calcium-independent cell-matrix adhesion / Wnt receptor activity / migrasome / VxPx cargo-targeting to cilium / genitalia development / detection of mechanical stimulus / placenta blood vessel development / response to fluid shear stress / Golgi-associated vesicle membrane / cation channel complex / metanephric collecting duct development / cartilage development / digestive tract development / neural tube development / motile cilium / ciliary membrane / cartilage condensation / skin development / protein heterotetramerization / spinal cord development / branching morphogenesis of an epithelial tube / establishment of cell polarity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / lateral plasma membrane / anatomical structure morphogenesis / regulation of proteasomal protein catabolic process / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / embryonic placenta development / regulation of cell adhesion / transcription regulator inhibitor activity / calcium channel complex / regulation of mitotic spindle organization / protein export from nucleus / cell-matrix adhesion / kidney development / liver development / calcium ion transmembrane transport / peptidyl-serine phosphorylation / calcium channel activity / Wnt signaling pathway / calcium ion transport / heart development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / basolateral plasma membrane / in utero embryonic development / transmembrane transporter binding / cell surface receptor signaling pathway / regulation of cell cycle / cilium / Golgi membrane / protein domain specific binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polycystic kidney disease type 1 protein / PKD/REJ-like domain / Polycystin cation channel / REJ domain / REJ domain / REJ domain profile. / Polycystin-1 like, PLAT/LH2 domain / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. ...Polycystic kidney disease type 1 protein / PKD/REJ-like domain / Polycystin cation channel / REJ domain / REJ domain / REJ domain profile. / Polycystin-1 like, PLAT/LH2 domain / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / PKD domain / Polycystin domain / Polycystin domain / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / : / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / PKD domain / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SA
データ登録者Bycroft, M.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: The structure of a PKD domain from polycystin-1: implications for polycystic kidney disease.
著者: Bycroft, M. / Bateman, A. / Clarke, J. / Hamill, S.J. / Sandford, R. / Thomas, R.L. / Chothia, C.
履歴
登録1998年12月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PKD1_HUMAN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9641
ポリマ－7,9641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PKD1_HUMAN)


分子量: 7963.906 Da / 分子数: 1 / 断片: PKD DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PRSETA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P98161

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

試料状態pH: 3 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX 500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX 500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
XPLOR構造決定
精密化手法: SA / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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