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- PDB-1b4p: CRYSTAL STRUCTURES OF CLASS MU CHIMERIC GST ISOENZYMES M1-2 AND M2-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b4p
タイトルCRYSTAL STRUCTURES OF CLASS MU CHIMERIC GST ISOENZYMES M1-2 AND M2-1
要素PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
キーワードTRANSFERASE / CHIMERIC GST
機能・相同性
機能・相同性情報


response to catechin / Paracetamol ADME / Azathioprine ADME / Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / response to genistein / hepoxilin biosynthetic process / glutathione binding / linoleic acid metabolic process ...response to catechin / Paracetamol ADME / Azathioprine ADME / Glutathione conjugation / nitrobenzene metabolic process / cellular detoxification of nitrogen compound / response to genistein / hepoxilin biosynthetic process / glutathione binding / linoleic acid metabolic process / glutathione peroxidase activity / response to metal ion / cellular response to caffeine / glutathione transferase / glutathione transferase activity / xenobiotic catabolic process / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / sarcoplasmic reticulum / fatty acid binding / sensory perception of smell / signaling receptor binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Mu class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Mu class / : / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GPS / Glutathione S-transferase Mu 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Xiao, G. / Chen, J. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Class MU Chimeric GST Isoenzymes M1-2 and M2-1
著者: Xiao, G. / Liu, X. / Ji, X. / Zhang, P. / Johnson, W.W. / Chen, J. / Parsons, J.F. / Stevens, W.J. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: First-Sphere and Second-Sphere Electrostatic Effects in the Active Site of a Class Mu Glutathione S-Transferease
著者: Ji, X. / Zhang, P. / Johnson, W.W. / Sesay, M.A. / Dickert, L. / Prasad, S.S. / Ammon, H.L. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structure and Function of the Xenobiotic Substrate Binding Site of a Glutathione S-Transferease as Revealed by X-Ray Crystallogaphic Anaysis of Product Complexes with the Diastereomers ...タイトル: Structure and Function of the Xenobiotic Substrate Binding Site of a Glutathione S-Transferease as Revealed by X-Ray Crystallogaphic Anaysis of Product Complexes with the Diastereomers of 9-(S-Glutathionyl)-10-Hydroxy-9,10- Dihydrophenanthren E
著者: Ji, X. / Zhang, P. / Armstrong, R.N. / Gilliland, G.L.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: The Three-Dimensional Structure of a Glutathione S-Transferease from the Mu Gene Class. Structural Analysis of the Binary Complex of Isoenzyme 3-3 and Glutathione at 2.2-A Resolution
履歴
登録1998年12月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0326
ポリマ－25,7411
非ポリマー1,2915
水4,504250
1
A: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,06412
ポリマ－51,4812
非ポリマー2,58310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)73.590, 82.550, 79.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-548-

HOH

21A-549-

HOH

31A-550-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GLUTATHIONE S-TRANSFERASE) / GST


分子量: 25740.738 Da / 分子数: 1 / 断片: COMPLETE PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SUBSTRATE IS (9S, 10S)-9-(S-GLUTATHIONYL)-10-HYDROXY-9.10-DIHYDROPHENANTHRENE
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: M5219
解説: THE ENZYME IS A CHIMERIC GST, CONSISTING OF DOMAIN I FROM TYPE M1-1 AND DOMAIN II FROM TYPE M2-2
遺伝子: CDNA INSERT OF CLONE PGT33MX / 器官: LIVER / プラスミド: PGT33MX / 遺伝子 (発現宿主): CDNA INSERT OF CLONE PGT33MX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M5219 / 参照: UniProt: P08010, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GPS / L-gamma-glutamyl-S-[(9S,10S)-10-hydroxy-9,10-dihydrophenanthren-9-yl]-L-cysteinylglycine


分子量: 501.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H27N3O7S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FOR THIS CHIMERIC GST M1-2, THE SEQUENCE IN DOMAIN I IS IDENTICAL TO THAT IN M1-1 AND THE SEQUENCE ...FOR THIS CHIMERIC GST M1-2, THE SEQUENCE IN DOMAIN I IS IDENTICAL TO THAT IN M1-1 AND THE SEQUENCE IN DOMAIN II TO THAT IN M2-2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN CONC. 10 MG/ML, 25 MM TRIS BUFFER (PH 8.0), 1 MM EDTA, 0.3% OCTYL BETA- D-GLUCOPYRANOSIDE, 2 MM PRODUCT INHIBITOR (GPS)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年4月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 27013 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / 冗長度: 36 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
GPRLSA精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GST

1gst
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.7→6 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
obs0.179 23933 88.6 %
all-26548 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1813 0 85 250 2148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0420.036
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0480.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.0421
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.6581.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.921.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.9372
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0250.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2650.02
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2040.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2070.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2320.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.15
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor22.115
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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