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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b4l | ||||||
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タイトル | 15 ATMOSPHERE OXYGEN YEAST CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE ROOM TEMPERATURE (298K) STRUCTURE | ||||||
要素 | PROTEIN (CU/ZN SUPEROXIDE DISMUTASE) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SUPEROXIDE ACCEPTOR / COPPER / ZINC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, oxygen as acceptor / superoxide dismutase complex / protein maturation by copper ion transfer / negative regulation of cellular respiration / fungal-type cell wall organization / Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / intracellular zinc ion homeostasis / cellular detoxification / superoxide metabolic process ...oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, oxygen as acceptor / superoxide dismutase complex / protein maturation by copper ion transfer / negative regulation of cellular respiration / fungal-type cell wall organization / Platelet degranulation / Detoxification of Reactive Oxygen Species / intracellular zinc ion homeostasis / cellular detoxification / superoxide metabolic process / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / intracellular copper ion homeostasis / removal of superoxide radicals / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / protein stabilization / copper ion binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Hart, P.J. / Balbirnie, M.M. / Ogihara, N.L. / Nersissian, A.M. / Weiss, M.S. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: A structure-based mechanism for copper-zinc superoxide dismutase. 著者: Hart, P.J. / Balbirnie, M.M. / Ogihara, N.L. / Nersissian, A.M. / Weiss, M.S. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Unusual Trigonal-Planar Copper Configuration Revealed in the Atomic Structure of Yeast Copper-Zinc Superoxide Dismutase 著者: Ogihara, N.L. / Parge, H.E. / Hart, P.J. / Weiss, M.S. / Goto, J. / Crane, B.R. / Tsang, J. / Slater, K. / Roe, J.A. / Valentine, J.S. / Eisenberg, D. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b4l.cif.gz | 41.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b4l.ent.gz | 29.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b4l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15743.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CARLBIOTECH, COPENHAGEN / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 参照: UniProt: P00445, superoxide dismutase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU / |
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.7 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16745 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.88 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.4 / Rsym value: 0.148 / % possible all: 90.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 64930 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 90.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.8→10 Å / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.264 |