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- PDB-1b45: ALPHA-CNIA CONOTOXIN FROM CONUS CONSORS, NMR, 43 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b45
タイトルALPHA-CNIA CONOTOXIN FROM CONUS CONSORS, NMR, 43 STRUCTURES
要素ALPHA-CNIA
キーワードTOXIN / ALPHA-CONOTOXIN / CONUS CONSORS / NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin CnIA
類似検索 - 構成要素
生物種Conus consors (フクスケヤキイモ)
手法溶液NMR / HIGH TEMPERATURE SIMULATED ANNEALING
データ登録者Favreau, P. / Krimm, I. / Le Gall, F. / Bobenrieth, M.J. / Lamthanh, H. / Bouet, F. / Servent, D. / Molgo, J. / Menez, A. / Letourneux, Y. / Lancelin, J.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Biochemical characterization and nuclear magnetic resonance structure of novel alpha-conotoxins isolated from the venom of Conus consors.
著者: Favreau, P. / Krimm, I. / Le Gall, F. / Bobenrieth, M.J. / Lamthanh, H. / Bouet, F. / Servent, D. / Molgo, J. / Menez, A. / Letourneux, Y. / Lancelin, J.M.
履歴
登録1999年1月5日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CNIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5491
ポリマ－1,5491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)43 / 80POTENTIAL ENERGIES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-CNIA


分子量: 1548.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Conus consors (フクスケヤキイモ)
参照: UniProt: P56973
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY

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試料調製

詳細内容: 90%WATER/ 10%D2O
試料状態pH: 4.1 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE DRX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE DRX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: HIGH TEMPERATURE SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: A TOTAL OF 80 STRUCTURES WERE GENERATED STARTING FROM RANDOM COORDINATES BY A HIGH TEMPERATURE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL AT 1000K (NILGES ET AL., 1988), USING THE PARALLHDG.PRO FORCE FIELD ...詳細: A TOTAL OF 80 STRUCTURES WERE GENERATED STARTING FROM RANDOM COORDINATES BY A HIGH TEMPERATURE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL AT 1000K (NILGES ET AL., 1988), USING THE PARALLHDG.PRO FORCE FIELD OF X-PLOR THAT DO NO TAKE INTO ACCOUNT THE ATTRACTIVE TERM OF THE VAN DER WALLS' INTERACTIONS NOR THE ELECTROSTATIC INTERACTIONS. THE STRUCTURES THAT AGREED WITH THE FORCE FIELD AND EXPERIMENTAL RESTRAINTS (NO NOE VIOLATION GRATER THAN 0.2 A) WERE FURTHER REFINED, USING THE FULL CHARMM22 FORCE FIELD OF X-PLOR. AN APPROXIMATE SOLVENT ELECTROSTATIC SCREENING EFFECT WAS INTRODUCED BY USING A DISTANCE-DEPENDENT DIELECTRIC CONSTANT AND BY REDUCING THE ELECTRIC CHARGES OF THE FORMALLY CHARGED AMINO ACID SIDE CHAINS (ARG, LYS AND HIS) AND THE N-TERMINUS TO 20% OF THEIR NOMINAL CHARGES DEFINED IN THE CHARMM22 FORCE FIELD. AFTER 1500 STEPS OF CONJUGATE GRADIENT ENERGY MINIMIZATION, THE DYNAMIC WAS INITIATED AT 750 K, EQUILIBRATED FOR 0.5 PS WITH 1 FS INTEGRATION STEPS, THEN COUPLED TO A HEAT BATH AT 750 K AND THE MOLECULE WAS ALLOWED TO EVOLVE FOR 10 PS BEFORE BEING COOLED SLOWLY TO 300 K ON A PERIOD OF 5.4 PS AND ALLOWED TO EVOLVE AGAIN AT THIS TEMPERATURE FOR 15 PS. AT THE END, STRUCTURES WERE ENERGY MINIMIZED BY 1500 STEPS OF THE CONJUGATE GRADIENT ALGORITHM. THE FORCE CONSTANT USED FOR THE NOE POTENTIAL IN BOTH STEPS WAS 50 KCAL MOL-1 A-2.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: POTENTIAL ENERGIES / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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