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- PDB-1b44: CRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b44
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM E. COLI CARRYING A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY
要素PROTEIN (B-POL SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN)
キーワードTOXIN / B SUBUNIT / HEAT-LABILE ENTEROTOXIN ANTI-HSV
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat-labile enterotoxin B chain / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Matkovic-Calogovic, D. / Loregian, A. / D'Acunto, M.R. / Battistutta, R. / Tossi, A. / Palu, G. / Zanotti, G.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the B subunit of Escherichia coli heat-labile enterotoxin carrying peptides with anti-herpes simplex virus type 1 activity.
著者: Matkovic-Calogovic, D. / Loregian, A. / D'Acunto, M.R. / Battistutta, R. / Tossi, A. / Palu, G. / Zanotti, G.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Specific Inhibition of Herpes Virus Replication by Receptor-Mediated Entry of an Antiviral Peptide Linked to Escherichia Coli Enterotoxin B Subunit
著者: Marcello, A. / Loreggian, A. / Cross, A. / Marsden, H. / Hirst, T.R. / Palu, G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Refined Structure of Escherichia Coli Heat-Labile Enterotoxin, a Close Relative of Cholera Toxin
著者: Sixma, T.K. / Kalk, K.H. / Van Zanten, B.A.M. / Dauter, Z. / Kingma, J. / Witholt, B. / Hol, W.G.J.
履歴
登録1999年1月4日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: PROTEIN (B-POL SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN)
E: PROTEIN (B-POL SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN)
F: PROTEIN (B-POL SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN)
G: PROTEIN (B-POL SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN)
H: PROTEIN (B-POL SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4675
ポリマ－71,4675
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13740 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.100, 127.100, 176.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.423739, 0.714311, -0.55696), (-0.304147, 0.691398, 0.655334), (0.853194, -0.108293, 0.510228)15.5337, 46.9454, -76.6349
2given(-0.51287, 0.857222, -0.046195), (0.226285, 0.186901, 0.955962), (0.828106, 0.479831, -0.289833)98.1824, 24.0957, -107.3382
3given(-0.515539, 0.222609, 0.827445), (0.855658, 0.185007, 0.483344), (-0.045487, 0.957193, -0.285856)134.5836, -36.8148, -49.7957
4given(0.424223, -0.303003, 0.85336), (0.718396, 0.686323, -0.113437), (-0.551309, 0.661174, 0.50883)73.016, -51.7591, 15.9503

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (B-POL SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN) / ETB-POL


分子量: 14293.311 Da / 分子数: 5 / 断片: SUBUNIT B / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE B SUBUNIT HAS A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY AS AN EXTENSION.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
解説: THE PROTEIN WAS CLONED AND EXPRESSED IN VIBRIO CHOLERA
プラスミド: PAM320 / 発現宿主: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 参照: UniProt: P13811, UniProt: P0CK94*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 74 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 mg/mlprotein1drop
20.8 Mlithium sulfate1drop
32 %PEG80001drop
40.8 Mlithium sulfate1reservoir
52 %PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→34.6 Å / Num. obs: 16377 / % possible obs: 74.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 76.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 64075
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / % possible obs: 76.7 % / Num. unique obs: 4728

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
X-PLOR3.84精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1LTR, CHAINS D-H

1ltr


解像度: 3.3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 620 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.212 12394 65 %-
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4186 0 0 0 4186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d17
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev Biso : _ / Rms dev position: _ / Weight Biso : _ / Weight position: _

Ens-IDDom-IDNCS model details
11RESTRAINTS
22
33
44
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 50 5 %
Rwork0.29 1104 -
obs--63 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.84 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg17
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.32 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rwork: 0.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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