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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b3p | ||||||||||||||||||
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タイトル | 5'-D(*GP*GP*AP*GP*GP*AP*T)-3' | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / (G-G-A) TRIPLET REPEAT / V-SHAPED BACKBONE / PARALLEL-STRANDED SEGMENTS / MISMATCH ALIGNMENTS / UNIFORM 13C / 15N-LABELED DNA | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | 溶液NMR / distance geometry | ![]() Kettani, A. / Bouaziz, S. / Skripkin, E. / Majumdar, A. / Wang, W. / Jones, R.A. / Patel, D.J. | ![]() ![]() タイトル: Interlocked mismatch-aligned arrowhead DNA motifs. 著者: Kettani, A. / Bouaziz, S. / Skripkin, E. / Majumdar, A. / Wang, W. / Jones, R.A. / Patel, D.J. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 306.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 393.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2202.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D HOMONUCLEAR AND HETERONUCLEAR EXPERIMENTS ON 13C AND 15N LABELED SAMPLE. THE DISTANCE RESTRAINTS WERE DEDUCED FROM 5 NOESY MIXING TIMES (50, 100, 150, 200 ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D HOMONUCLEAR AND HETERONUCLEAR EXPERIMENTS ON 13C AND 15N LABELED SAMPLE. THE DISTANCE RESTRAINTS WERE DEDUCED FROM 5 NOESY MIXING TIMES (50, 100, 150, 200 AND 250 MS) IN D2O AND 2 NOESY MIXING TIMES IN H2O (60 AND 200 MS) MS |
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試料調製
試料状態 | イオン強度: 10 mM NACL, 2 mM PHOSPHATE / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 273 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JNRL CITATION ABOVE | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, LOW DISTANCE RESTRAINTS VIIOLATIONS AND FAVORABLE NON-BONDED ENERGY VALUES 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |