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- PDB-1b3n: BETA-KETOACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE AS A DRUG TARGET, IMPLICAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b3n
タイトルBETA-KETOACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE AS A DRUG TARGET, IMPLICATIONS FROM THE CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX WITH THE INHIBITOR CERULENIN.
要素PROTEIN (KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE 2)
キーワードCONDENSING ENZYMES / FATTY ACID ELONGATION / CERULENIN INHIBITION / LIPID METABOLISM / DRUG DESIGN / DRUG TARGET
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid elongation, saturated fatty acid / monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to cold / fatty acid biosynthetic process / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CER / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Moche, M. / Schneider, G. / Edwards, P. / Dehesh, K. / Lindqvist, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Structure of the complex between the antibiotic cerulenin and its target, beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase.
著者: Moche, M. / Schneider, G. / Edwards, P. / Dehesh, K. / Lindqvist, Y.
履歴
登録1998年12月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE 2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1842
ポリマ－42,9581
非ポリマー2251
水95553
1
A: PROTEIN (KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE 2)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE 2)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,3674
ポリマ－85,9172
非ポリマー4512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7360 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area26310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.394, 76.394, 147.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (KETOACYL ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE 2)


分子量: 42958.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: FABF / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15[PREP4]
参照: UniProt: P0AAI5, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-CER / (2S, 3R)-3-HYDROXY-4-OXO-7,10-TRANS,TRANS-DODECADIENAMIDE / CERULENIN


分子量: 225.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO3 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE CERULENIN RESIDUE IS GIVEN CHAIN IDENTIFIER A AND RESIDUE NUMBER 413.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化pH: 8
詳細: 5.6 MG/ML KAS-CERULENIN COMPLEX IN 0.3M NACL, 25MM TRIS PH8.0, 5MM IMIDAZOLE AND 10% (V/V) GLYCEROL WERE MIXED (2+2UL) WITH A 1000 UL RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 26% W/V PEG8000 0.1% V/V ...詳細: 5.6 MG/ML KAS-CERULENIN COMPLEX IN 0.3M NACL, 25MM TRIS PH8.0, 5MM IMIDAZOLE AND 10% (V/V) GLYCEROL WERE MIXED (2+2UL) WITH A 1000 UL RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 26% W/V PEG8000 0.1% V/V 2-MERCAPTOETHANOL AND WATER. CRYSTALS APPEARED IN A FEW DAYS
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
15.6 MG/ML KAS-CERULENIN COMPLEX IN 0.3M NACL, 25MM TRIS PH8.0, 5MM IMIDAZOLE AND 10% (V/V) GLYCEROL11
2A 1000 UL RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 26% W/V PEG8000, 0.1% V/V 2-MERCAPTOETHANOL AND WATER.12
結晶化
*PLUS
温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
20.3 M1dropNaCl
325 mMTris-HCl1drop
45 mMimidazole1drop
510 %(v/v)glycerol1drop
626 %(w/v)PEG80001reservoir
70.1 %(v/v)2-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.958
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→30 Å / Num. obs: 12600 / % possible obs: 83.4 % / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 71.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 22896 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 71.8 % / Rmerge(I) obs: 0.325

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SIGMAAモデル構築
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SIGMAA位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.65→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RAMACHANDRAN PLOT, PERCENT OF NON- GLYCINE OR NON-PROLINE RESIDUES IN MOST FAVOURED REGION 88.9% ADDITIONAL ALLOWED REGION 10.5% GENEROUSLY ALLOWED REGION 0.3% DISALLOWED REGION 0.3% BOND ...詳細: RAMACHANDRAN PLOT, PERCENT OF NON- GLYCINE OR NON-PROLINE RESIDUES IN MOST FAVOURED REGION 88.9% ADDITIONAL ALLOWED REGION 10.5% GENEROUSLY ALLOWED REGION 0.3% DISALLOWED REGION 0.3% BOND LENGTHS (A) : 0.008 BOND ANGLES ( DEGREES) : 1.7 DIHEDRAL ANGLES (DEGREES) : 26.2 IMPROPER ANGLES (DEGREES) : 1.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 631 5 %EVERY 20TH REFLECTION
Rwork0.213 ---
obs-22896 83.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3005 0 16 53 3074
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 11926 / Rfactor obs: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.08
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg26.2
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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