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万見
- PDB-1b2z: DELETION OF A BURIED SALT BRIDGE IN BARNASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b2z
タイトルDELETION OF A BURIED SALT BRIDGE IN BARNASE
要素PROTEIN (BARNASE)
キーワードHYDROLASE / MICROBIAL RIBONUCLEASE / ALPHA/BETA PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Barnase / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / ribonuclease / Microbial ribonucleases / Ribonuclease/ribotoxin / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Vaughan, C.K. / Harryson, P. / Buckle, A.M. / Oliveberg, M. / Fersht, A.R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: A structural double-mutant cycle: estimating the strength of a buried salt bridge in barnase.
著者: Vaughan, C.K. / Harryson, P. / Buckle, A.M. / Fersht, A.R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: Molecular Structure of a New Family of Ribonucleases
著者: Mauguen, Y. / Hartley, R.W. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Bricogne, G. / Chothia, C. / Jack, A.
履歴
登録1998年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月3日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (BARNASE)
B: PROTEIN (BARNASE)
C: PROTEIN (BARNASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2594
ポリマ－37,1933
非ポリマー651
水6,377354
1
A: PROTEIN (BARNASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3981
ポリマ－12,3981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PROTEIN (BARNASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3981
ポリマ－12,3981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROTEIN (BARNASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4632
ポリマ－12,3981
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.750, 57.750, 81.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.752059, 0.65253, 0.092798), (0.651599, -0.757274, 0.044217), (0.099127, 0.027213, -0.994703)0.9808, 72.7143, 100.8196
2given(0.572214, 0.816791, 0.07365), (0.815383, -0.576243, 0.055625), (0.087875, 0.028223, -0.995732)-5.0507, 33.8035, 81.7592

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (BARNASE)


分子量: 12397.736 Da / 分子数: 3 / 変異: D93N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: PMT410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00648, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 7.5
詳細: DROP: 8-12 MG/ML PROTEIN 6 MM ZNSO4 0.6 M (NH4)2SO4 WELL: 2.58-2.73 M AMMONIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.5 1-2 MM ZNSO4 0.15-0.30 M (NH4)2SO4 5-10 MM NH4OH
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ZN SULFATE11
2NH4 SULFATE11
3ZN SULFATE12
4NH4 SULFATE12
5NH4OH12
6NH4 PHOSPHATE12
結晶化
*PLUS
温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18-12 mg/mlprotein1drop
26 mM1dropZnSO4
30.1 Mammonium sulfate1drop
42.58-2.73 Mammonium phosphate1reservoir
51-2 mM1reservoirZn2SO4
60.15-0.30 Mammonium sulfate1reservoir
75-10 mM1reservoirNH4OH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月1日 / 詳細: SUPER DOUBLE MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→18.42 Å / Num. obs: 18864 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 15.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 13.73
反射 シェル解像度: 2.03→2.05 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Mean I/σ(I) obs: 5.29 / % possible all: 72.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 72.2 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
iMOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.03→18.38 Å / SU B: 4.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 -5 %
Rwork0.17 --
obs-17900 96.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 17.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→18.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2585 0 1 354 2940
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0260.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.4612
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.2153
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.6592
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.4143
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0970.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1680.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2480.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1570.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.97
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor14.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor17.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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