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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b2b | ||||||
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タイトル | PH AFFECTS GLU B13 SWITCHING AND SULFATE BINDING IN CUBIC INSULIN CRYSTALS (PH 6.16 COORDINATES) | ||||||
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![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR / HORMONE / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine ...Insulin processing / IRS activation / Signal attenuation / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by Insulin receptor / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Insulin receptor recycling / glycoprotein biosynthetic process / response to L-arginine / positive regulation of lipoprotein lipase activity / lactate biosynthetic process / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of glucose metabolic process / lipoprotein biosynthetic process / COPI-mediated anterograde transport / lipid biosynthetic process / positive regulation of DNA replication / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of protein autophosphorylation / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of protein secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Diao, J.S. / Caspar, D.L.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic titration of cubic insulin crystals: pH affects GluB13 switching and sulfate binding. 著者: Diao, J. #1: ![]() タイトル: Conformational Changes in Cubic Insulin Crystals in the Ph Range 7-11 著者: Gursky, O. / Badger, J. / Li, Y. / Caspar, D.L. #2: ![]() タイトル: Monovalent Cation Binding in Cubic Insulin Crystals 著者: Gursky, O. / Li, Y. / Badger, J. / Caspar, D.L. #4: ![]() タイトル: Structure of the Pig Insulin Dimer in the Cubic Crystal 著者: Badger, J. / Harris, M.R. / Reynolds, C.D. / Evans, A.C. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / North, A.C.T. #5: ![]() タイトル: Water Structure in Cubic Insulin Crystals 著者: Badger, J. / Caspar, D.L. #6: ![]() タイトル: Zinc-Free Cubic Pig Insulin: Crystallization and Structure Determination 著者: Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Lewitova, A. / Sabesan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 22.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 14.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2383.698 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3403.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.16 / 詳細: pH 6.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | 濃度: 2 / 名称: 1M SODIUM SULFATE SOLUTION AT PH 6.16 / 詳細: 3 / Volume: 1 Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 9.2 / 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→55 Å / Num. obs: 8540 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 4.02 % / Biso Wilson estimate: 22.42 Å2 / Rsym value: 0.046 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / % possible obs: 95.24 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.8→10 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 15
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rfree: 0.2277 / Rfactor Rwork: 0.193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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