PDB-1b28: ARC REPRESSOR MYL MUTANT FROM SALMONELLA BACTERIOPHAGE P22

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1b28

タイトル

ARC REPRESSOR MYL MUTANT FROM SALMONELLA BACTERIOPHAGE P22

要素

PROTEIN (REGULATORY PROTEIN ARC)

キーワード

TRANSLATION/REGULATION / TRANSCRIPTION REGULATION / HYPERSTABLE MUTANT / ARC REPRESSOR / TRANSLATION-REGULATION COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage P22 (ファージ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Rietveld, A.W.M. / Nooren, I.M.A. / Sauer, R.T. / Kaptein, R. / Boelens, R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: The solution structure and dynamics of an Arc repressor mutant reveal premelting conformational changes related to DNA binding.
著者: Nooren, I.M. / Rietveld, A.W. / Melacini, G. / Sauer, R.T. / Kaptein, R. / Boelens, R.

履歴

登録	1998年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1b28.cif.gz	481.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1b28.ent.gz	402.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1b28.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1b28_validation.pdf.gz	366.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1b28_full_validation.pdf.gz	514.4 KB	表示
XML形式データ	1b28_validation.xml.gz	26.4 KB	表示
CIF形式データ	1b28_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/1b28 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/1b28	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1qwx-2 1mnt-d 5byp-2 1nyc-2 1qwx-1 5a88-2 1wjm-d 3g76-3 1qnd-d 1syb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN (REGULATORY PROTEIN ARC)

B: PROTEIN (REGULATORY PROTEIN ARC)

12.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	14 / 40	LEAST RESTRAINT VIOLATION AND TOTAL ENERGY
代表モデル

#1: タンパク質	PROTEIN (REGULATORY PROTEIN ARC) 分子量: 6202.298 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN A: R31M,E36Y,R40L, CHAIN B: R131M,E136Y,R140L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ) 属: P22-like viruses / 遺伝子: MUTATED ARC GENE / プラスミド: PSA300-MYL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90 / 参照: UniProt: P03050

#1: タンパク質

PROTEIN (REGULATORY PROTEIN ARC)

分子量: 6202.298 Da / 分子数: 2 / 変異: CHAIN A: R31M,E36Y,R40L, CHAIN B: R131M,E136Y,R140L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Enterobacteria phage P22 (ファージ)
属: P22-like viruses / 遺伝子: MUTATED ARC GENE / プラスミド: PSA300-MYL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90 / 参照: UniProt: P03050

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	ROESY
1	4	1	3D-NOESY-HSQC
1	5	1	3D TOCSY-HSQC

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING MULTI-DIMENSIONAL NMR SPECTROCOPY ON 15N LABELED ARC-MYL

-
試料調製

試料状態	イオン強度: 50 mM KPI, 150 mM NACL / pH: 4.5 / 温度: 303 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX500	Bruker	AMX500	500	1
Bruker DMX600	Bruker	DMX600	600	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Discover	BIOSYM	精密化
Discover	MSI, INC.	構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND TOTAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 14

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)