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- PDB-1b25: FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b25
タイトルFORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS
要素PROTEIN (FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / MOCO / TUNGSTOENZYME / TUNGSTEN CONTAINING PROTEIN / HYPERTHERMOPHILE
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde ferredoxin oxidoreductase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 3 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 3 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 ...Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 3 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 3 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A; domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase Protein, subunit A, domain 2 / Aldehyde Ferredoxin Oxidoreductase; A, domain 1 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 2 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domain 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase-like, C-terminal / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain superfamily / : / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, domains 2 & 3 / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / Aldehyde ferredoxin oxidoreductase, N-terminal domain / 4-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TUNGSTOPTERIN / IRON/SULFUR CLUSTER / Formaldehyde ferredoxin oxidoreductase / Formaldehyde:ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hu, Y.L. / Faham, S. / Roy, R. / Adams, M.W.W. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Formaldehyde ferredoxin oxidoreductase from Pyrococcus furiosus: the 1.85 A resolution crystal structure and its mechanistic implications.
著者: Hu, Y. / Faham, S. / Roy, R. / Adams, M.W. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1999
タイトル: Purification and Molecular Characterization of the Tungsten-Containing Formaldehyde Ferredoxin Oxidoreductase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus: The Third of a ...タイトル: Purification and Molecular Characterization of the Tungsten-Containing Formaldehyde Ferredoxin Oxidoreductase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus: The Third of a Putative Five Member Tungstoenzyme Family
著者: Roy, R. / Mukund, S. / Schut, G. / Dunn, D.M. / Weiss, R. / Adams, M.W.W.
履歴
登録1998年12月4日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月7日Group: Database references
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)
B: PROTEIN (FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)
C: PROTEIN (FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)
D: PROTEIN (FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,94512
ポリマ－275,4434
非ポリマー5,5028
水24,3021349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.340, 170.850, 180.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99175, -0.10396, -0.07494), (-0.0869, 0.11575, 0.98947), (-0.0942, 0.98782, -0.12383)112.41776, -31.91685, 46.79736
2given(0.81605, 0.46218, -0.34708), (0.4612, -0.88262, -0.09096), (-0.34838, -0.08584, -0.93342)11.85725, 107.09819, 204.97092
3given(-0.82912, -0.36224, 0.42585), (-0.36433, -0.22767, -0.90301), (0.42406, -0.90385, 0.05679)73.92876, 182.32613, 126.08163

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)


分子量: 68860.742 Da / 分子数: 4
断片: DOMAIN 1: 1-208, DOMAIN 2: 209-406, DOMAIN 3: 407-619
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: O93738, UniProt: Q8U1K3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-PTT / TUNGSTOPTERIN


分子量: 1023.835 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25MgN10O13P2S4W
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶化
*PLUS
手法: melting-point capillary method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
155-65 mg/mlprotein11
250 mMTris-HCl11
32.0 mMdithionite11
42 mMdithiothreitol11
50.2 M11KCl
630 %(v/v)glycerol12
720 %(w/v)PEG400012
80.1 Msodium citrate12
90.2 M12NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 240510 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.234 / % possible all: 83.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 928734 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.6 % / Rmerge(I) obs: 0.234

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AOR

1aor


解像度: 1.85→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 11979 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs-240450 91.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19144 0 240 1349 20733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.08
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: UNRESTRAINED
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.93 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 1434 5 %
Rwork0.256 26350 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.9
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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