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- PDB-1b1u: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BIFUNCTIONAL INHIBITOR RAGI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b1u
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BIFUNCTIONAL INHIBITOR RAGI
要素PROTEIN (ALPHA-AMYLASE/TRYPSIN INHIBITOR RATI)
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / ALPHA-AMYLASE/TRYPSIN INHIBITOR (RATI) / BIFUNCTIONAL
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cereal seed allergen/trypsin and alpha-amylase inhibitor, conserved site / Cereal trypsin/alpha-amylase inhibitors family signature. / Cereal seed allergen/grain softness/trypsin and alpha-amylase inhibitor / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase/trypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Eleusine coracana (コウボウビエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gourinath, S. / Srinivasan, A. / Singh, T.P.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Structure of the bifunctional inhibitor of trypsin and alpha-amylase from ragi seeds at 2.2 A resolution.
著者: Gourinath, S. / Alam, N. / Srinivasan, A. / Betzel, C. / Singh, T.P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Determination of the Three-Dimensional Structure of the Bifunctional Alpha-Amylase/Trypsin Inhibitor from Ragi Seeds by NMR Spectroscopy
著者: Strobl, S. / Muhlhahn, P. / Bernstein, R. / Wiltscheck, R. / Maskos, K. / Wunderlich, M. / Huber, R. / Glockshuber, R. / Holak, T.A.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Preliminary X-Ray Investigation of a Bifunctional Inhibitor from Indian Finger Millet (Ragi)
著者: Srinivasan, A. / Raman, A. / Singh, T.P.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1983
タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of the Bifunctional Alpha-Amylase/Trypsin Inhibitor from Seeds of Ragi (Indian Finger Millet, Eleusine Coracana Gaertn.)
著者: Campos, F.A.P. / Richardson, M.
履歴
登録1998年11月23日処理サイト: RCSB
置き換え1998年12月2日ID: 1JFO
改定 1.01998年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ALPHA-AMYLASE/TRYPSIN INHIBITOR RATI)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1531
ポリマ－13,1531
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.380, 54.480, 40.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ALPHA-AMYLASE/TRYPSIN INHIBITOR RATI) / RAGI BIFUNCTIONAL INHIBITOR


分子量: 13153.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Eleusine coracana (コウボウビエ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P01087
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.2 %
結晶化pH: 8
詳細: 1.15M AMMONIUM SULFATE, 0.2M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mMsodium phosphate11pH8.0
20.3 Mammonium sulfate11
310-15 mg/mlprotein11
41.15 Mammonium sulfate12
50.4 Msodium phosphate12pH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 5684 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 94.6
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 5094 / % possible obs: 91 % / Num. measured all: 57852 / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.79 Å / % possible obs: 83.5 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 2.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE(CCP4)位相決定
X-PLOR3.851精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BIP, MODEL 20

1bip


解像度: 2.2→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.321 251 5.6 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 4451 79.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数880 0 0 88 968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.77
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.91.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.572
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.992
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.162.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.083 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 26 5 %
Rwork0.295 498 -
obs--58 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARA-1.DATTOPO-1.DAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 5094 / Rfactor all: 0.224 / Rfactor obs: 0.219 / Rfactor Rfree: 0.277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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