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- PDB-1b1j: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN VARIANT H13A. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b1j
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ANGIOGENIN VARIANT H13A.
要素HYDROLASE ANGIOGENIN
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE (VASCULARIZATION)
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / tRNA-derived small RNA (tsRNA or tRNA-related fragment, tRF) biogenesis / tRNA decay / cell communication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Adherens junctions interactions / oocyte maturation / homeostatic process / rRNA transcription / : / basement membrane / RNA nuclease activity / positive regulation of phosphorylation / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation / RNA endonuclease activity / activation of protein kinase B activity / actin filament polymerization / response to hormone / positive regulation of protein secretion / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / placenta development / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell migration / actin cytoskeleton / chromosome / heparin binding / actin binding / growth cone / antibacterial humoral response / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / endonuclease activity / rRNA binding / negative regulation of translation / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / innate immune response / signaling receptor binding / neuronal cell body / nucleolus / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Leonidas, D.D. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Refined crystal structures of native human angiogenin and two active site variants: implications for the unique functional properties of an enzyme involved in neovascularisation during tumour growth.
著者: Leonidas, D.D. / Shapiro, R. / Allen, S.C. / Subbarao, G.V. / Veluraja, K. / Acharya, K.R.
履歴
登録1998年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROLASE ANGIOGENIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1021
ポリマ－14,1021
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.170, 104.470, 38.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1014-

HOH

21A-1037-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HYDROLASE ANGIOGENIN


分子量: 14101.967 Da / 分子数: 1 / 変異: H13A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03950
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
解説: DATA WAS 99.1 % COMPLETE FOR RESOLUTION RANGE 30.0-2.9 A
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2(NH4)2SO411
3PEG 40011
4HEPES12
5(NH4)2SO412
6PEG 40012
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1drop
31 Mammonium sulfate1drop
41 %PEG4001drop
5100 mMHEPES1reservoir
62 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 289 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 5493 / % possible obs: 58.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 31.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 21688
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 31.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ANG

1ang


解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.319 291 5.3 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all-5482 --
obs-5482 57 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数988 0 0 38 1026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.791.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.662
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.972
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.084 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 19 4.1 %
Rwork0.348 447 -
obs--29.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.78
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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