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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b1b | ||||||
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タイトル | IRON DEPENDENT REGULATOR | ||||||
要素 | PROTEIN (IRON DEPENDENT REGULATOR) | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / IDER / IRON DEPEDENT REGULATOR / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 catechol-containing siderophore biosynthetic process / cobalt ion binding / cadmium ion binding / nickel cation binding / transition metal ion binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding / manganese ion binding / response to oxidative stress / protein dimerization activity ...catechol-containing siderophore biosynthetic process / cobalt ion binding / cadmium ion binding / nickel cation binding / transition metal ion binding / peptidoglycan-based cell wall / ferrous iron binding / manganese ion binding / response to oxidative stress / protein dimerization activity / iron ion binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Pohl, E. / Holmes, R.K. / Hol, W.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of the iron-dependent regulator (IdeR) from Mycobacterium tuberculosis shows both metal binding sites fully occupied. 著者: Pohl, E. / Holmes, R.K. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b1b.cif.gz | 50 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b1b.ent.gz | 35.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b1b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/1b1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/1b1b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15902.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) プラスミド: PMTBKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-ALPHA / 参照: UniProt: P0A672, UniProt: P9WMH1*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: protein solution is mixed in a 2:1 ratio with well solution | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.008 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.008 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→8 Å / Num. obs: 9277 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 15 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 93 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 147166 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.6 % / Rmerge(I) obs: 0.45 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AMORE 解像度: 2.6→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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拘束条件 |
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