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- PDB-1b1a: GLUTAMATE MUTASE (B12-BINDING SUBUNIT), NMR, MINIMIZED AVERAGE ST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b1a
タイトルGLUTAMATE MUTASE (B12-BINDING SUBUNIT), NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素GLUTAMATE MUTASE
キーワードISOMERASE / GLUTAMATE MUTASE / B12-BINDING SUBUNIT
機能・相同性
機能・相同性情報


methylaspartate mutase / anaerobic L-glutamate catabolic process / methylaspartate mutase activity / L-glutamate catabolic process via L-citramalate / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate mutase sigma subunit / Cobalamin-binding domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate mutase sigma subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium cochlearium (バクテリア)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION
データ登録者Hoffmann, B. / Konrat, R. / Bothe, H. / Buckel, W. / Kraeutler, B.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Structure and dynamics of the B12-binding subunit of glutamate mutase from Clostridium cochlearium.
著者: Hoffmann, B. / Konrat, R. / Bothe, H. / Buckel, W. / Krautler, B.
#1: ジャーナル: Fems Microbiol.Lett. / 年: 1994
タイトル: Cloning, Sequencing and Expression in Escherichia Coli of the Gene Encoding Component S of the Coenzyme B12-Dependent Glutamate Mutase from Clostridium Cochlearium
著者: Zelder, O. / Beatrix, B. / Buckel, W.
履歴
登録1998年11月19日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月10日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE MUTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8301
ポリマ－14,8301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 15MINIMIZED AVERAGE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMATE MUTASE / GLMS


分子量: 14830.046 Da / 分子数: 1 / 断片: B12-BINDING SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium cochlearium (バクテリア)
解説: DSM 1285 / 遺伝子: GLMS / プラスミド: POZ3 / 遺伝子 (発現宿主): GLMS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100 / 参照: UniProt: P80078, methylaspartate mutase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 15N HSQC
1212D X-FILT NOESY
1312D NOESY
1412D TOCSY
1513D 15N NOESY-HSQC
1613D 15N TOCSY-HSQC
1713D HNHA
NMR実験の詳細Text: MEAN STRUCTURE

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試料調製

詳細内容: 10% H2O/90% D2O
試料状態イオン強度: 10mM K2HPO4/KH2PO4 / pH: 7.4 / 圧: ATMOSPHERIC atm / 温度: 299 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
NMRPipe構造決定
ANSIG構造決定
Felix構造決定
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, ENERGY MINIMIZATION
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: MINIMIZED AVERAGE / 計算したコンフォーマーの数: 15 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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