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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b12 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF TYPE 1 SIGNAL PEPTIDASE FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH A BETA-LACTAM INHIBITOR | ||||||
![]() | SIGNAL PEPTIDASE I | ||||||
![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEINASE / SERINE-DEPENDANT HYDROLASE / SIGNAL PEPTIDE PROCESSING / PROTEIN TRANSLOCATION / MEMBRANE BOUND PROTEINASE / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() signal peptidase I / thylakoid membrane organization / signal peptide processing / protein processing / peptidase activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Paetzel, M. / Dalbey, R. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a bacterial signal peptidase in complex with a beta-lactam inhibitor. 著者: Paetzel, M. / Dalbey, R.E. / Strynadka, N.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 197 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 158.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 572.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 601.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.96526, -0.06489, -0.25311), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27835.465 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-1PN / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % |
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1997年8月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 88159 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 85.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 391951 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.91 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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