PDB-1b0s: BINDING OF AR-1-144, A TRI-IMIDAZOLE DNA MINOR GROOVE BINDER, TO ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1b0s

タイトル

BINDING OF AR-1-144, A TRI-IMIDAZOLE DNA MINOR GROOVE BINDER, TO CCGG SEQUENCE ANALYZED BY NMR SPECTROSCOPY

要素

DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*C)-3')

キーワード

DNA / ANTICANCER DRUG / DRUG DESIGN / DNA STRUCTURE / SEQUENCE SPECIFIC RECOGNITION

機能・相同性

Chem-AR1 / DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / NOE-RMD

データ登録者

Yang, X.-L. / Kaenzig, C. / Lee, M. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: Binding of AR-1-144, a tri-imidazole DNA minor groove binder, to CCGG sequence analyzed by NMR spectroscopy.
著者: Yang, X.L. / Kaenzig, C. / Lee, M. / Wang, A.H.

履歴

登録	1998年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1b0s.cif.gz	26.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1b0s.ent.gz	17.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1b0s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/1b0s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/1b0s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1cyz-d 7kci-d 1nev-d 1aul-d 1bx5-d 1z30-d 2n26-d 1dsm-d 1a9g-d 1sm5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*C)-3')

ヘテロ分子

7.06 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 11	REFINED AVERAGE STRUCTURE
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPAPAPCPCPGPGPTPTPC)-3') 分子量: 3045.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-AR1 / (2-{[4-({4-[(4-FORMYLAMINO-1-METHYL-1H-IMIDAZOLE-2-CARBONYL)-AMINO]-1-METHYL-1H-IMIDAZOLE-2-CARBONYL}-AMINO)-1-METHYL-1 H-IMIDAZOLE-2-CARBONYL]-AMINO}-ETHYL)-DIMETHYL-AMMONIUM / TRI-IMIDAZOLE DNA MINOR GROOVE BINDER / AR-1-144 / 2-[4-[4-[4-(ホルミルアミノ)-1-メチル-1H-イミダゾ-ル-2-イルカルボニルアミノ]-1-メチル-1H(以下略) 分子量: 486.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈N₁₁O₄

#1: DNA鎖

DNA (5'-D(*GP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*C)-3')

分子量: 3045.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

#2: 化合物

ChemComp-AR1 / (2-{[4-({4-[(4-FORMYLAMINO-1-METHYL-1H-IMIDAZOLE-2-CARBONYL)-AMINO]-1-METHYL-1H-IMIDAZOLE-2-CARBONYL}-AMINO)-1-METHYL-1 H-IMIDAZOLE-2-CARBONYL]-AMINO}-ETHYL)-DIMETHYL-AMMONIUM / TRI-IMIDAZOLE DNA MINOR GROOVE BINDER / AR-1-144 / 2-[4-[4-[4-(ホルミルアミノ)-1-メチル-1H-イミダゾ-ル-2-イルカルボニルアミノ]-1-メチル-1H(以下略)

分子量: 486.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈N₁₁O₄

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: REFINED AVERAGE STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H 2D NMR SPECTROSCOPY

-
試料調製

試料状態	pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 275 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITY 750	Varian	UNITY 750	750	1
Varian VXR 500	Varian	VXR 500	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1		構造決定
SPEDREF			構造決定

精密化

手法: NOE-RMD / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: REFINED AVERAGE STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 11 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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