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- PDB-1b0c: EVIDENCE OF A COMMON DECAMER IN THREE CRYSTAL STRUCTURES OF BPTI,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b0c
タイトルEVIDENCE OF A COMMON DECAMER IN THREE CRYSTAL STRUCTURES OF BPTI, CRYSTALLIZED FROM THIOCYANATE, CHLORIDE OR SULFATE
要素PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR / PENTAMERIC MOLECULE
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity / protease binding / calcium ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily ...: / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Pancreatic trypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hamiaux, C. / Prange, T. / Ries-Kautt, M. / Ducruix, A. / Lafont, S. / Astier, J.P. / Veesler, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The BPTI decamer observed in acidic pH crystal forms pre-exists as a stable species in solution.
著者: Hamiaux, C. / Perez, J. / Prange, T. / Veesler, S. / Ries-Kautt, M. / Vachette, P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: The Decameric Structure of Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor (Bpti) Crystallized from Thiocyanate at 2.7A Resolution
著者: Hamiaux, C. / Prange, T. / Ries-Kautt, M. / Ducruix, A. / Lafont, S. / Astier, J.P. / Veesler, S.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Decamers Observed in the Crystals of Bovine Panreatic Trypsin Inhibitor
著者: Lubkowski, J. / Wlodawer, A.
履歴
登録1998年11月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
B: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
C: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
D: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
E: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6385
ポリマ－32,6385
非ポリマー00
水1,04558
1
A: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
B: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
C: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
D: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
E: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)

A: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
B: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
C: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
D: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)
E: PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,27610
ポリマ－65,27610
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.470, 95.470, 159.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.936918, -0.279679, -0.209678), (0.292717, 0.299889, 0.907956), (-0.191056, -0.912056, 0.362838)26.8161, -46.825, 84.2046
2given(0.844053, -0.179696, -0.505257), (0.167754, -0.806422, 0.567047), (-0.509346, -0.563377, -0.650518)46.8711, 20.9744, 152.3607
3given(0.839134, 0.175766, -0.514743), (-0.171677, -0.812391, -0.557269), (-0.516121, 0.555992, -0.65153)34.6748, 110.901, 111.4845
4given(0.939976, 0.277804, -0.198169), (-0.282692, 0.308661, -0.908193), (-0.191132, 0.9097, 0.368667)5.5089, 97.8479, 16.9573

-
要素

#1: タンパク質
PROTEIN (PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR) / BASIC PROTEASE INHIBITOR / BPI / BPTI / APROTININ


分子量: 6527.568 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00974
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化pH: 4.5
詳細: ACETATE BUFFER PH=4.5 BPTI 60 TO 100 MG/ML NACL 1.6 TO 2 M
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMsodium acetate1reservoir
260-100 mg/mlinhibitor1drop
31.6-2 M1dropNaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→18 Å / Num. obs: 11127 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 55.8 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 9.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.14 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最高解像度: 2.77 Å / % possible obs: 89.3 % / Num. measured all: 107368 / Rmerge(I) obs: 0.038
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.77 Å / 最低解像度: 2.84 Å / % possible obs: 55.5 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 4.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Agrovataデータ削減
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
Agrovataデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PTI

6pti


解像度: 2.8→18 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1125 10.3 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.198 10908 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2128 0 0 58 2186
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11CONSTRX-RAY DIFFRACTION0.0294300
22X-RAY DIFFRACTION0.0266300
33X-RAY DIFFRACTION0.0286300
44X-RAY DIFFRACTION0.0258300
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 108 10.2 %
Rwork0.3 950 -
obs--96.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.3 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 37.1 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.13
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.348 / % reflection Rfree: 10.2 % / Rfactor Rwork: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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