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- PDB-1azh: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF THREE ENGINEERED CELLULOSE-BINDIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1azh
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF THREE ENGINEERED CELLULOSE-BINDING DOMAINS OF CELLOBIOHYDROLASE I FROM TRICHODERMA REESEI, NMR, 14 STRUCTURES
要素CELLOBIOHYDROLASE I
キーワードCELLULASE / NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY / PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulose binding / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 7 / Glycoside hydrolase family 7, catalytic domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 7 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hypocrea jecorina (菌類)
手法溶液NMR / distance geometry
データ登録者Mattinen, M.-L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional structures of three engineered cellulose-binding domains of cellobiohydrolase I from Trichoderma reesei.
著者: Mattinen, M.L. / Kontteli, M. / Kerovuo, J. / Linder, M. / Annila, A. / Lindeberg, G. / Reinikainen, T. / Drakenberg, T.
履歴
登録1997年11月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLOBIOHYDROLASE I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,6541
ポリマ－3,6541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 60LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CELLOBIOHYDROLASE I / CBD


分子量: 3654.030 Da / 分子数: 1 / 断片: CELLULOSE-BINDING DOMAIN / 変異: Y5A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypocrea jecorina (菌類)
参照: UniProt: P62694, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
121COSY
131NOESY
141RELAY-COSY

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試料調製

試料状態pH: 3.9 / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VARIAN UNITY 600 / 製造業者: Varian / モデル: VARIAN UNITY 600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SA/MDCLORE,NILGES精密化
BIOSYM TECHNOLOGIESTECHNOLOGIES構造決定
Felix構造決定
Insight II構造決定
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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