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万見
- PDB-1ayl: PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ayl
タイトルPHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE
要素PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE
キーワードKINASE (TRANSPHOSPHORYLATING) / P-LOOP / PROTEIN-ATP COMPLEX / NUCLEOTIDE-TRIPHOSPHATE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) activity / gluconeogenesis / calcium ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoenolpyruvate carboxykinase, ATP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP), conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal ...Phosphoenolpyruvate carboxykinase, ATP-utilising / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP), conserved site / Phosphoenolpyruvate carboxykinase / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) signature. / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #20 / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, C-terminal / Phosphoenolpyruvate carboxykinase, N-terminal / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Beta Complex / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / OXALATE ION / Phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tari, L.W. / Pugazenthi, U. / Goldie, H. / Delbaere, L.T.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Snapshot of an enzyme reaction intermediate in the structure of the ATP-Mg2+-oxalate ternary complex of Escherichia coli PEP carboxykinase.
著者: Tari, L.W. / Matte, A. / Pugazhenthi, U. / Goldie, H. / Delbaere, L.T.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Allosteric Control by Calcium and Mechanism of Desensitization of Phosphoenolpyruvate Carboxykinase of Escherichia Coli
著者: Goldie, H. / Sanwal, B.D.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli Phosphoenolpyruvate Carboxykinase: A New Structural Family with the P-Loop Nucleoside Triphosphate Hydrolase Fold
著者: Matte, A. / Goldie, H. / Sweet, R.M. / Delbaere, L.T.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Crystallization of the Calcium-Activated Phosphoenolpyruvate Carboxykinase from Escherichia Coli K12
著者: Delbaere, L.T. / Vandonselaar, M. / Glaeske, D. / Jabs, C. / Goldie, H.
#4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1990
タイトル: Sequence of the Pcka Gene of Escherichia Coli K-12: Relevance to Genetic and Allosteric Regulation and Homology of E. Coli Phosphoenolpyruvate Carboxykinase with the Enzymes from ...タイトル: Sequence of the Pcka Gene of Escherichia Coli K-12: Relevance to Genetic and Allosteric Regulation and Homology of E. Coli Phosphoenolpyruvate Carboxykinase with the Enzymes from Trypanosoma Brucei and Saccharomyces Cerevisiae
著者: Medina, V. / Pontarollo, R. / Glaeske, D. / Tabel, H. / Goldie, H.
履歴
登録1995年12月7日処理サイト: BNL
改定 1.01997年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4164
ポリマ－59,7961
非ポリマー6203
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.510, 96.690, 46.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOENOLPYRUVATE CARBOXYKINASE / ATP-OXALOACETATE CARBOXY-LYASE (ATP)


分子量: 59796.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ORDERED MAGNESIUM ION OBSERVED BOUND TO ATP / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
参照: UniProt: P22259, phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP)
#2: 化合物 ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 4.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlPCK1drop
22 mMATP1drop
32 mMoxalate1drop
45 mM1dropMgCl2
51 mMEDTA1drop
6100 mMsodium acetate1drop
7200 mMammonium acetate1drop
812 %(w/v)PEG40001drop
9100 mMsodium acetate1reservoir
10200 mMammonium acetate1reservoir
1127 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 40067 / % possible obs: 76.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
WEISデータ削減
精密化解像度: 1.8→6 Å / σ(F): 2
詳細: MET 477 HAS DISALLOWED RAMACHANDRAN ANGLES; THE DEPOSITORS ACCOUNT FOR THIS AS IT IS THE SECOND RESIDUE WITHIN A GAMMA-TURN.
Rfactor反射数
Rfree0.234 -
Rwork0.195 -
obs0.195 35508
原子変位パラメータBiso mean: 21.42 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4107 0 38 345 4490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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