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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aye | ||||||
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タイトル | HUMAN PROCARBOXYPEPTIDASE A2 | ||||||
![]() | PROCARBOXYPEPTIDASE A2 | ||||||
![]() | SERINE PROTEASE / ZYMOGEN / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() carboxypeptidase A2 / protein catabolic process in the vacuole / vacuole / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garcia-Saez, I. / Reverte, D. / Vendrell, J. / Aviles, F.X. / Coll, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The three-dimensional structure of human procarboxypeptidase A2. Deciphering the basis of the inhibition, activation and intrinsic activity of the zymogen. 著者: Garcia-Saez, I. / Reverter, D. / Vendrell, J. / Aviles, F.X. / Coll, M. #1: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Porcine Pancreatic Procarboxypeptidase A. A Comparison of the a and B Zymogens and Their Determinants for Inhibition and Activation 著者: Guasch, A. / Coll, M. / Aviles, F.X. / Huber, R. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of Porcine Procarboxypeptidase B: A Structural Basis of its Inactivity 著者: Coll, M. / Guasch, A. / Aviles, F.X. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1pcaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45006.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | ZYMOGEN OF ZINC-CONTAINING |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 38772 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 32.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / % possible all: 87.9 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 87.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PCA 解像度: 1.8→8 Å / 交差検証法: FREE R-FACTOR / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |