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- PDB-1awd: FERREDOXIN [2FE-2S] OXIDIZED FORM FROM CHLORELLA FUSCA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1awd
タイトルFERREDOXIN [2FE-2S] OXIDIZED FORM FROM CHLORELLA FUSCA
要素FERREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / EUKARYOTIC / GREEN ALGA / ELECTRON TRANSFER / METALLOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種'Chlorella' fusca (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / ANOMALOUS DISPERSION TO FIND THE TWO FE ATOMS USING 2.3 ANGSTROM CU ROTATING ANODE/MULTIWIRE DATA. THE REMAINING ATOMS WERE THEN FOUND BY ROTATING A FRAGMENT (FROM ENTRY 1FXL) ABOUT THE IRON ATOMS TO MINIMIZE THE CORRELATION COEFFICIENT BETWEEN F(OBS), F(CALC). / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure determination at 1.4 A resolution of ferredoxin from the green alga Chlorella fusca
著者: Bes, M.T. / Parisini, E. / Inda, L.A. / Saraiva, L. / Peleato, M.L. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録1997年10月1日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2022
ポリマ－10,0261
非ポリマー1761
水2,270126
1
A: FERREDOXIN
ヘテロ分子

A: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4044
ポリマ－20,0522
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation37_455y-1/2,x+1/2,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)112.440, 112.440, 112.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-178-

HOH

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要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN


分子量: 10026.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) 'Chlorella' fusca (植物) / 属: Scenedesmus / 参照: UniProt: P56408
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 1.3 M SODIUM CITRATE, 0.1 M GLYCINE AT PH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
119 %protein1drop
21.1 Msodium citrate1drop
30.1 Mglycine1drop
420 mMTris-HCl1drop
51.3 Msodium citrate1reservoir
61.1 Mglycine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9091
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月26日 / 詳細: BENT CRYSTAL MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9091 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→26.5 Å / Num. obs: 24157 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 351520
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97モデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
精密化構造決定の手法: ANOMALOUS DISPERSION TO FIND THE TWO FE ATOMS USING 2.3 ANGSTROM CU ROTATING ANODE/MULTIWIRE DATA. THE REMAINING ATOMS WERE THEN FOUND BY ROTATING A FRAGMENT (FROM ENTRY 1FXL) ...構造決定の手法: ANOMALOUS DISPERSION TO FIND THE TWO FE ATOMS USING 2.3 ANGSTROM CU ROTATING ANODE/MULTIWIRE DATA. THE REMAINING ATOMS WERE THEN FOUND BY ROTATING A FRAGMENT (FROM ENTRY 1FXL) ABOUT THE IRON ATOMS TO MINIMIZE THE CORRELATION COEFFICIENT BETWEEN F(OBS), F(CALC).
解像度: 1.4→10 Å / Num. parameters: 7544 / Num. restraintsaints: 8916 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
StereochEM target val spec case: NO RESTRAINTS ON PROSTHETIC GROUP (RESIDUE 98)
立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 3.2%
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1811 1202 5 %RANDOM
all0.1466 24070 --
obs0.1464 -99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL. 91 (1973) 201-228
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 647 / Occupancy sum non hydrogen: 796
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数708 0 4 126 838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.066
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.054
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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