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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1avx | ||||||
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タイトル | COMPLEX PORCINE PANCREATIC TRYPSIN/SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR, TETRAGONAL CRYSTAL FORM | ||||||
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![]() | COMPLEX (PROTEINASE/INHIBITOR) / COMPLEX (PROTEINASE-INHIBITOR) / PORCINE TRYPSIN / SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR / KUNITZ-TYPE / BETA-TREFOIL FOLD / COMPLEX (PROTEINASE-INHIBITOR) complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() trypsin / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Song, H.K. / Suh, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Kunitz-type soybean trypsin inhibitor revisited: refined structure of its complex with porcine trypsin reveals an insight into the interaction between a homologous inhibitor from ...タイトル: Kunitz-type soybean trypsin inhibitor revisited: refined structure of its complex with porcine trypsin reveals an insight into the interaction between a homologous inhibitor from Erythrina caffra and tissue-type plasminogen activator. 著者: Song, H.K. / Suh, S.W. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure Analyses of Human A1-Antitrypsin, Soybean Kunitz-Type Trypsin Inhibitor, and Barley Chitinase 著者: Song, H.K. #2: ![]() タイトル: Crystallization of Kunitz-Type Soybean Trypsin Inhibitor 著者: Lee, J.K. / Song, H.K. / Hwang, K.Y. / Kim, K.K. / Suh, S.W. #3: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Study of Kunitz-Type Soybean Trypsin Inhibitor 著者: Lee, J.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23493.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 19657.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.68 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→60 Å / Num. obs: 26956 / % possible obs: 62 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 37.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 118553 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 37.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1MCT FOR TRYPSIN AND PDB ENTRY 1TIE FOR THE INHIBITOR 解像度: 1.9→8 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / σ(F): 2
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Refine analyze | Luzzati d res low obs: 0 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |