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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1avr | ||||||
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タイトル | CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN V AFTER REFINEMENT. IMPLICATIONS FOR STRUCTURE, MEMBRANE BINDING AND ION CHANNEL FORMATION OF THE ANNEXIN FAMILY OF PROTEINS | ||||||
![]() | ANNEXIN V | ||||||
![]() | CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING / CALCIUM-PHOSPHOLIPID BINDING complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / : / phospholipid binding / sarcolemma / blood coagulation ...phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / : / phospholipid binding / sarcolemma / blood coagulation / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / external side of plasma membrane / focal adhesion / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Huber, R. / Berendes, R. / Burger, A. / Schneider, M. / Karshikov, A. / Luecke, H. / Roemisch, J. / Paques, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal and molecular structure of human annexin V after refinement. Implications for structure, membrane binding and ion channel formation of the annexin family of proteins. 著者: Huber, R. / Berendes, R. / Burger, A. / Schneider, M. / Karshikov, A. / Luecke, H. / Romisch, J. / Paques, E. #1: ![]() タイトル: The Calcium Binding Sites in Human Annexin V by Crystal Structure Analysis at 2.0 Angstroms Resolution 著者: Huber, R. / Schneider, M. / Mayr, I. / Roemisch, J. / Paques, E.-P. #2: ![]() タイトル: The Crystal and Molecular Structure of Human Annexin V, an Anticoagulant Protein that Binds to Calcium and Membranes 著者: Huber, R. / Roemisch, J. / Paques, E.-P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: GLU 318 - ASP 319 OMEGA ANGLE = 0.000 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35980.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
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解析
ソフトウェア | 名称: EREF / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.184 / 最高解像度: 2.3 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: EREF / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / Rfactor obs: 0.184 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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