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万見
- PDB-1avo: PROTEASOME ACTIVATOR REG(ALPHA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1avo
タイトルPROTEASOME ACTIVATOR REG(ALPHA)
要素(11S REGULATOR) x 2
キーワードPROTEASOME ACTIVATOR / CELL ADHESION / INTERFERON INDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome activator complex / antigen processing and presentation of exogenous antigen / Proteasome assembly / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of proteasomal protein catabolic process / endopeptidase activator activity / proteasome complex / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator pa28, N-terminal domain / Proteasome activator pa28, C-terminal domain / Proteasome activator PA28, N-terminal domain / Proteasome activator PA28, N-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, N-terminal / Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal ...Proteasome activator pa28, N-terminal domain / Proteasome activator pa28, C-terminal domain / Proteasome activator PA28, N-terminal domain / Proteasome activator PA28, N-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, N-terminal / Proteasome activator PA28 / Proteasome activator PA28, C-terminal domain / Proteasome activator superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal domain superfamily / Proteasome activator PA28, C-terminal / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome activator complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / MIR/AVERAGING / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hill, C.P. / Knowlton, J.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Structure of the proteasome activator REGalpha (PA28alpha).
著者: Knowlton, J.R. / Johnston, S.C. / Whitby, F.G. / Realini, C. / Zhang, Z. / Rechsteiner, M. / Hill, C.P.
履歴
登録1997年9月18日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 11S REGULATOR
B: 11S REGULATOR
C: 11S REGULATOR
D: 11S REGULATOR
E: 11S REGULATOR
F: 11S REGULATOR
G: 11S REGULATOR
H: 11S REGULATOR
I: 11S REGULATOR
J: 11S REGULATOR
K: 11S REGULATOR
L: 11S REGULATOR
M: 11S REGULATOR
N: 11S REGULATOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,50814
ポリマ－161,50814
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area52180 Å2
ΔGint-304 kcal/mol
Surface area55860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.600, 134.300, 116.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
11S REGULATOR / REG(ALPHA) / PA28(ALPHA)


分子量: 6753.724 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PAED4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q06323
#2: タンパク質
11S REGULATOR / REG(ALPHA) / PA28(ALPHA)


分子量: 16318.890 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PAED4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q06323

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.67 %
結晶化pH: 7.1 / 詳細: pH 7.1
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
25 mMMops1drop
30.1 mMEDTA1drop
40.5 mMdithiothreitol1drop
56 %PEG60001drop
650 mMNa-MOPS1drop
71 M1dropNaCl
80.45 mM1dropZnCl2
912 %PEG60001reservoir
10100 mMNa-MOPS1reservoir
112 M1reservoirNaCl
120.9 mM1reservoirZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年2月1日 / 詳細: SSRL/9-1
放射モノクロメーター: SSRL/9-1 / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 32245 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 95
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化構造決定の手法: MIR/AVERAGING / 解像度: 2.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1467 2.5 %RANDOM
Rwork0.249 ---
obs0.249 32245 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13958 0 0 0 13958
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 153 2.2 %
Rwork0.344 6804 -
obs--95 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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