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- PDB-1avh: CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN V AFTER REFINEME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1avh
タイトルCRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF HUMAN ANNEXIN V AFTER REFINEMENT. IMPLICATIONS FOR STRUCTURE, MEMBRANE BINDING AND ION CHANNEL FORMATION OF THE ANNEXIN FAMILY OF PROTEINS
要素ANNEXIN V
キーワードCALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING / CALCIUM-PHOSPHOLIPID BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / sarcolemma / phospholipid binding / blood coagulation / Platelet degranulation ...phospholipase inhibitor activity / endothelial microparticle / negative regulation of coagulation / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / sarcolemma / phospholipid binding / blood coagulation / Platelet degranulation / : / external side of plasma membrane / focal adhesion / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Annexin A5 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A5 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Huber, R. / Berendes, R. / Burger, A. / Schneider, M. / Karshikov, A. / Luecke, H. / Roemisch, J. / Paques, E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystal and molecular structure of human annexin V after refinement. Implications for structure, membrane binding and ion channel formation of the annexin family of proteins.
著者: Huber, R. / Berendes, R. / Burger, A. / Schneider, M. / Karshikov, A. / Luecke, H. / Romisch, J. / Paques, E.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990
タイトル: The Calcium Binding Sites in Human Annexin V by Crystal Structure Analysis at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Huber, R. / Schneider, M. / Mayr, I. / Roemisch, J. / Paques, E.-P.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1990
タイトル: The Crystal and Molecular Structure of Human Annexin V, an Anticoagulant Protein that Binds to Calcium and Membranes
著者: Huber, R. / Roemisch, J. / Paques, E.-P.
履歴
登録1991年10月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANNEXIN V
B: ANNEXIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,54611
ポリマ－71,9612
非ポリマー5859
水4,954275
1
A: ANNEXIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2936
ポリマ－35,9811
非ポリマー3125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ANNEXIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2535
ポリマ－35,9811
非ポリマー2724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: ANNEXIN V
ヘテロ分子

B: ANNEXIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,54611
ポリマ－71,9612
非ポリマー5859
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/21
Buried area1570 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area29400 Å2
手法PISA
4
A: ANNEXIN V
ヘテロ分子

B: ANNEXIN V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,54611
ポリマ－71,9612
非ポリマー5859
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z+1/21
Buried area2030 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area28930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.800, 98.800, 129.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Atom site foot note1: GLY B 231 - ASN B 232 OMEGA ANGLE = 211.920 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION

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要素

#1: タンパク質 ANNEXIN V


分子量: 35980.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08758
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19 mg/mlprotein1drop
23 mMMOPS1drop
320 mM1dropCaCl2
40.0015 mlprecipitant1drop
52.1 Mammonium sulphate1reservoir
60.1 MTris-chloride1reservoir

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化Rfactor Rwork: 0.184 / 最高解像度: 2.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5026 0 25 275 5326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.319
ソフトウェア
*PLUS
名称: EREF / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d2.319
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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