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- PDB-1avc: BOVINE ANNEXIN VI (CALCIUM-BOUND) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1avc
タイトルBOVINE ANNEXIN VI (CALCIUM-BOUND)
要素ANNEXIN VI
キーワードCALCIUM/PHOSPHOLIPID-BINDING PROTEIN / ANNEXIN / CALCIUM-BINDING / MEMBRANE-BINDING / CALCIUM-PHOSPHOLIPID-BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sequestering of calcium ion / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / biomineral tissue development / chondroitin sulfate binding / mitochondrial calcium ion homeostasis / chromaffin granule membrane / regulation of muscle contraction / calcium-dependent phospholipid binding / calcium ion import / vesicle membrane ...negative regulation of sequestering of calcium ion / growth plate cartilage chondrocyte differentiation / biomineral tissue development / chondroitin sulfate binding / mitochondrial calcium ion homeostasis / chromaffin granule membrane / regulation of muscle contraction / calcium-dependent phospholipid binding / calcium ion import / vesicle membrane / cargo receptor activity / phosphatidylserine binding / mitochondrial crista / stress fiber / apoptotic signaling pathway / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / calcium ion transport / melanosome / heparin binding / vesicle / focal adhesion / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A6 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A6 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Avila-Sakar, A.J. / Creutz, C.E. / Kretsinger, R.H.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of bovine annexin VI in a calcium-bound state.
著者: Avila-Sakar, A.J. / Creutz, C.E. / Kretsinger, R.H.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1996
タイトル: The Crystal Structure of Annexin Vi Indicates Relative Rotation of the Two Lobes Upon Membrane Binding
著者: Kawasaki, H. / Avila-Sakar, A. / Creutz, C.E. / Kretsinger, R.H.
履歴
登録1997年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANNEXIN VI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,2527
ポリマ－76,0121
非ポリマー2406
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.404, 67.404, 200.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 ANNEXIN VI / P68 / PROTEIN III / 67-KDA-CALCIMEDIN / LIPOCORTIN VI / 67-KDA-CALELECTRIN / CHROMOBINDIN 20 / CALPHOBINDIN II


分子量: 76011.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MEMBRANE-PERIPHERAL / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P79134
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 % / 解説: PROBE ~1/2 THE MASS OF ANNEXIN VI
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: VAPOUR DIFFUSION (HANGING DROP), SODIUM ACETATE 1.2 M AS PRECIPITANT, POTASSIUM CACODYLATE 0.1 M, PH 6.5, CALCIUM CHLORIDE 6.2 MM ROOM TEMPERATURE, vapor diffusion - hanging drop
Temp details: room temp
結晶化
*PLUS
pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.5 mg/mlprotein1drop
20.2 MNa acetate1drop
30.02 MNa-cacodylate1drop
41.04 mM1dropCaCl2
50.11 mM1dropCa2+
61.2 MNa-acetate1reservoir
70.1 MNa-cacodylate1reservoir
86.25 mM1reservoirCaCl2
90.660 mM1reservoirCa2+

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 1.0093
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 30424 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 45.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 19075 / % possible obs: 98.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / Num. unique obs: 1912 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Mean I/σ(I) obs: 9.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BOVINE ANNEXIN VI: PDB ENTRY 1ANN

1ann


解像度: 2.9→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT B=62.4 A**2, K=0.48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 -6 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 18978 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.4 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5231 0 6 117 5354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.991.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.912
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.092
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.482.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 -5.9 %
Rwork0.284 1783 -
obs--99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAMETER.ELEMENTSTOP19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 17821 / Num. reflection Rfree: 1157 / Rfactor obs: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.4
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.329 / Rfactor obs: 0.285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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