PDB-1auk: HUMAN ARYLSULFATASE A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1auk

タイトル

HUMAN ARYLSULFATASE A

要素

ARYLSULFATASE A

キーワード

HYDROLASE / CEREBROSIDE-3-SULFATE HYDROLYSIS / LYSOSOMAL ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

cerebroside-sulfatase / cerebroside-sulfatase activity / The activation of arylsulfatases / arylsulfatase activity / sulfuric ester hydrolase activity / Glycosphingolipid catabolism / lysosomal lumen / lipid metabolic process / azurophil granule lumen / lysosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Lukatela, G. / Krauss, N. / Theis, K. / Gieselmann, V. / Von Figura, K. / Saenger, W.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of human arylsulfatase A: the aldehyde function and the metal ion at the active site suggest a novel mechanism for sulfate ester hydrolysis.
著者: Lukatela, G. / Krauss, N. / Theis, K. / Selmer, T. / Gieselmann, V. / von Figura, K. / Saenger, W.

履歴

登録	1997年8月29日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.3	2012年1月25日	Group: Derived calculations
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1auk.cif.gz	106.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1auk.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1auk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1auk_validation.pdf.gz	822.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1auk_full_validation.pdf.gz	833.4 KB	表示
XML形式データ	1auk_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	1auk_validation.cif.gz	31.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/1auk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/1auk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3tw6-2 3tw6-1 4bdt-2 2agz-2 5vyz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ARYLSULFATASE A

ヘテロ分子

52.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ARYLSULFATASE A

ヘテロ分子

x 8

ソフトウェアが定義した集合体
419 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_555	-y,-x,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.630, 132.630, 192.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質

ARYLSULFATASE A / CEREBROSIDE-3-SULFATE-SULFATASE

分子量: 51956.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 解説: C-DNA EXPRESSION / 細胞内の位置: LYSOSOME / 遺伝子: ARSA / 器官: TESTIS / プラスミド: PBEH / 細胞株 (発現宿主): BABY HAMSTER KIDNEY CELLS (BHK) / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED ENZYME / 発現宿主:

Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P15289, cerebroside-sulfatase

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン

分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 291 K. SOLUTION CONTAINING 10MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS/HCL (PH 7.4) AND 150 MM NACL WAS MIXED WITH SAME VOLUME OF RESERVOIR ...
PH範囲: 5.0-5.4

結晶化

*PLUS

温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	100 mM	sodium acetate	1	reservoir
2	10-13 %	PEG6000	1	reservoir
3	100 mM	sodium acetate	1	drop
4	10-13 %	PEG6000	1	drop
5	1.25 %	octyl-beta-glucopyranoside	1	drop
6	10 mM	Tris-HCl	1	drop
7	150 mM		1	drop	NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 277 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.91
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 49794 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.97 Å² / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / R_sym value: 0.35 / % possible all: 98
反射	PLUS R_merge(I) obs*: 0.063
反射シェル	PLUS % possible obs: 96.7 % / R_merge(I) obs*: 0.276

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
X-PLOR	モデル構築
REFMAC	精密化
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0.5

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	2463	5 %	SHELLS
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.248	49794	98.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3580	0	29	176	3785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	1.8
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

ソフトウェア

*PLUS

名称: REFMAC / 分類: refinement

精密化

*PLUS

Num. reflection all: 49794

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg	1.8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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