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- PDB-1au1: HUMAN INTERFERON-BETA CRYSTAL STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1au1
タイトルHUMAN INTERFERON-BETA CRYSTAL STRUCTURE
要素INTERFERON-BETA
キーワードINTERFERON / HELICAL CYTOKINE / IMMUNE SYSTEM / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of MHC class I biosynthetic process / B cell activation involved in immune response / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / type I interferon receptor binding / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / natural killer cell activation ...regulation of MHC class I biosynthetic process / B cell activation involved in immune response / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / type I interferon receptor binding / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / natural killer cell activation / positive regulation of innate immune response / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / B cell proliferation / humoral immune response / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cellular response to interferon-beta / B cell differentiation / cytokine activity / positive regulation of apoptotic signaling pathway / response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / Interferon alpha/beta signaling / blood coagulation / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / defense response to virus / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interferon beta / Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Karpusas, M. / Nolte, M. / Lipscomb, W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of human interferon beta at 2.2-A resolution.
著者: Karpusas, M. / Nolte, M. / Benton, C.B. / Meier, W. / Lipscomb, W.N. / Goelz, S.
履歴
登録1997年9月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年10月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat / software
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _software.name
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERFERON-BETA
B: INTERFERON-BETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6375
ポリマ－40,1082
非ポリマー1,5293
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.300, 65.900, 121.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 INTERFERON-BETA


分子量: 20054.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P01574
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-quinovopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1137.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-2DGlcpb1-3DGlcpb1-4DGlcpb1-4[DQuipa1-6]DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5][a2122m-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-2/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_d2-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(2+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}[(6+1)][a-D-6-deoxy-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-quinovopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DQuipa1-6DGlcpb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-6-deoxy-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
225 mMsodium acetate1drop
314 %PEG40001reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoir
50.2 Mammonium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月10日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 18405 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.0766

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
bioteXデータ収集
AMoRE位相決定
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.81精密化
bioteXデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESIDUES 28 - 30 OF MOLECULE B HAVE NOT BEEN MODELED DUE TO WEAK ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 -10 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 18405 83.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3527 0 113 243 3883
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.81 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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