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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1atu | ||||||
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タイトル | UNCLEAVED ALPHA-1-ANTITRYPSIN | ||||||
![]() | ALPHA-1-ANTITRYPSIN | ||||||
![]() | SERINE PROTEASE INHIBITOR / ALPHA-1-ANTITRYPSIN / CONFORMATIONAL TRANSITION / LOOP FLEXIBILITY / METASTABILITY / STABILIZING MUTATIONS | ||||||
機能・相同性 | ![]() Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation ...Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / ficolin-1-rich granule lumen / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ryu, S.-E. / Choi, H.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The native strains in the hydrophobic core and flexible reactive loop of a serine protease inhibitor: crystal structure of an uncleaved alpha1-antitrypsin at 2.7 A. 著者: Ryu, S.E. / Choi, H.J. / Kwon, K.S. / Lee, K.N. / Yu, M.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 367.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 401.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7apiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42046.094 Da / 分子数: 1 / 変異: F51L, T59A, T68A, A70G, M374I, S381A, K387R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of mother liquor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→8 Å / Num. obs: 9154 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.098 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→3 Å / % possible all: 71 |
反射 | *PLUS % possible obs: 83.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 70.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 7API 解像度: 2.7→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 4 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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