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- PDB-1att: CRYSTAL STRUCTURE OF CLEAVED BOVINE ANTITHROMBIN III AT 3.2 ANGST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1att
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CLEAVED BOVINE ANTITHROMBIN III AT 3.2 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ANTITHROMBIN III
キーワードSERINE PROTEINASE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood coagulation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation / heparin binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 ...Antithrombin-III, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Mourey, L. / Samama, J.P. / Delarue, M. / Moras, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of cleaved bovine antithrombin III at 3.2 A resolution.
著者: Mourey, L. / Samama, J.P. / Delarue, M. / Petitou, M. / Choay, J. / Moras, D.
#1: ジャーナル: Biochimie / 年: 1990
タイトル: Antithrombin III: Structural and Functional Aspects
著者: Mourey, L. / Samama, J.P. / Delarue, M. / Choay, J. / Lormeau, J.C. / Petitou, M. / Moras, D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of Bovine Antithrombin III
著者: Delarue, M. / Samama, J.-P. / Mourey, L. / Moras, D.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Data for Bovine Antithrombin III
著者: Samama, J.P. / Delarue, M. / Mourey, L. / Choay, J. / Moras, D.
履歴
登録1993年3月29日処理サイト: BNL
改定 1.01994年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTITHROMBIN III
B: ANTITHROMBIN III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4112
ポリマ－97,4112
非ポリマー00
水00
1
A: ANTITHROMBIN III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7051
ポリマ－48,7051
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ANTITHROMBIN III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7051
ポリマ－48,7051
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.300, 91.300, 383.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.07868, -0.99527, -0.057), (-0.04669, -0.06079, 0.99706), (-0.99581, -0.07578, -0.05125)
ベクター: 170.4039, -258.8259, 371.64853)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN A WHEN APPLIED TO CHAIN B.

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要素

#1: タンパク質 ANTITHROMBIN III


分子量: 48705.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P41361
構成要素の詳細THE SPECIFIC N-TERMINAL EXTENSION OF ANTITHROMBIN III IS TIED TO THE MOLECULE BY TWO DISULFIDE ...THE SPECIFIC N-TERMINAL EXTENSION OF ANTITHROMBIN III IS TIED TO THE MOLECULE BY TWO DISULFIDE BRIDGES: CYS 9 - CYS 129 (MOST PROBABLY DISORDERED IN MOLECULE B) AND CYS 22 - CYS 96. AFTER THE CLEAVAGE SITE, THE C-TERMINAL DOMAIN IS LINKED TO THE MOLECULE BY THE DISULFIDE BOND CYS 248 - CYS 431.
Has protein modificationY
配列の詳細SEQUENCE ANALYSIS OF DISSOLVED CRYSTALS SHOWED THAT CLEAVAGE HAD OCCURRED AT THE PEPTIDE BOND SER ...SEQUENCE ANALYSIS OF DISSOLVED CRYSTALS SHOWED THAT CLEAVAGE HAD OCCURRED AT THE PEPTIDE BOND SER 395 - LEU 396 (P1' - P2'). THE STRUCTURE DISPLAYS A TOPOLOGY SIMILAR TO THAT OF MODIFIED ALPHA-1-ANTITRYPSIN (LOEBERMANN ET AL., J. MOL. BIOL. 177, 531, 1984) WITH THE RESIDUES DELIMITING THE CLEAVAGE REGION WHICH ARE FOUND AT OPPOSITE ENDS OF THE MOLECULE. SEQUENCE ADVISORY NOTICE: THE SEQUENCE PRESENTED HERE IS OF THE BOVINE ANTITHROMBIN III AS REFERENCED BY H. MEJDOUB, M. LE RET, Y. BOULANGER, M. MAMAN, J. CHOAY, AND J. REINBOLT, J. PROTEIN CHEM., VOL. 10, PAGES 205-212, 1991.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.98 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
113 mg/mlprotein11
270 %satammonium sulphate12
330 mMpotassium12
41 mM12can be replaced with HgCl2, ZnCl2CdCl2
50.01 %(w/v)12NaN3

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 41 Å / Num. obs: 23436 / % possible obs: 84 % / Num. measured all: 61000 / Rmerge(I) obs: 0.091

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.2→8 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.212 -
obs0.212 20702
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6640 0 0 0 6640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rwork: 0.212
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.09
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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