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- PDB-1aqf: PYRUVATE KINASE FROM RABBIT MUSCLE WITH MG, K, AND L-PHOSPHOLACTATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aqf
タイトルPYRUVATE KINASE FROM RABBIT MUSCLE WITH MG, K, AND L-PHOSPHOLACTATE
要素PYRUVATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / PYRUVATE KINASE / RABBIT MUSCLE / DOMAIN MOVEMENT / POTASSIUM BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / positive regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain ...PK beta-barrel domain-like / M1 Pyruvate Kinase; Domain 3 / Pyruvate kinase, C-terminal domain / Pyruvate Kinase; Chain: A, domain 1 / Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / L-PHOSPHOLACTATE / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Larsen, T.M. / Benning, M.M. / Wesenberg, G.E. / Rayment, I. / Reed, G.H.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 1997
タイトル: Ligand-induced domain movement in pyruvate kinase: structure of the enzyme from rabbit muscle with Mg2+, K+, and L-phospholactate at 2.7 A resolution.
著者: Larsen, T.M. / Benning, M.M. / Wesenberg, G.E. / Rayment, I. / Reed, G.H.
履歴
登録1997年7月29日処理サイト: BNL
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRUVATE KINASE
B: PYRUVATE KINASE
C: PYRUVATE KINASE
D: PYRUVATE KINASE
E: PYRUVATE KINASE
F: PYRUVATE KINASE
G: PYRUVATE KINASE
H: PYRUVATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,85832
ポリマ－463,9918
非ポリマー1,86824
水3,495194
1
A: PYRUVATE KINASE
B: PYRUVATE KINASE
C: PYRUVATE KINASE
D: PYRUVATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,92916
ポリマ－231,9954
非ポリマー93412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19380 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area73430 Å2
手法PISA
2
E: PYRUVATE KINASE
F: PYRUVATE KINASE
G: PYRUVATE KINASE
H: PYRUVATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,92916
ポリマ－231,9954
非ポリマー93412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18990 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area69590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.400, 112.600, 171.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
PYRUVATE KINASE


分子量: 57998.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P11974, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PEQ / L-PHOSPHOLACTATE


分子量: 170.058 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.89 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17.3 mg/mlenzyme11
27.7 %PEG800011
30.21 M11KCl
45 mM11MgCl2
55 mMATP11
64.5 mML-lactate11
750 mMHEPES11
80.12 mMAp5A11

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データ収集

回折平均測定温度: 276 K
検出器日付: 1996年2月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 76181 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 736673 / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.7→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.196 --
obs-141340 93 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31209 0 96 194 31499
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.553
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0070.012
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.015
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg20.553
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0070.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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