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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aqe | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE Y73E MUTANT OF CYTOCHROME C OF CLASS III (AMBLER) 26 KD | ||||||
要素 | CYTOCHROME C3 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / OCTAHEME CYTOCHROME / POINT MUTANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anaerobic respiration / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Desulfomicrobium norvegicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Czjzek, M. / Haser, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Structural and kinetic studies of the Y73E mutant of octaheme cytochrome c3 (Mr = 26 000) from Desulfovibrio desulfuricans Norway. 著者: Aubert, C. / Giudici-Orticoni, M.T. / Czjzek, M. / Haser, R. / Bruschi, M. / Dolla, A. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997 タイトル: A Single Mutation in the Heme 4 Environment of Desulfovibrio Desulfuricans Norway Cytochrome C3 (Mr 26,000) Greatly Affects the Molecule Reactivity 著者: Aubert, C. / Leroy, G. / Bruschi, M. / Wall, J.D. / Dolla, A. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of a Dimeric Octaheme Cytochrome C3 (Mr 26,000) from Desulfovibrio Desulfuricans Norway 著者: Czjzek, M. / Guerlesquin, F. / Bruschi, M. / Haser, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aqe.cif.gz | 46.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aqe.ent.gz | 37.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aqe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1aqe_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1aqe_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1aqe_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1aqe_validation.cif.gz | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/1aqe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1czjS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12506.900 Da / 分子数: 1 / 変異: Y73E / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MR 26000 由来: (組換発現) Desulfomicrobium norvegicum (バクテリア) 株: Norway 4 解説: SULFATE REDUCING BACTERIA, ALSO KNOWN AS DESULFOMICROBIUM BACULATUM プラスミド: PJRD215 / 発現宿主: Desulfovibrio desulfuricans (バクテリア) / 参照: UniProt: P38554 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.6 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.4M AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS PH 7.6 | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Czjzek, M., (1992) J. Mol. Biol., 228, 995. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月20日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 9880 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 20.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 91.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 53789 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1CZJ 解像度: 2.2→22 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / σ(F): 1
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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