PDB-1ao1: INTERACTIONS OF DEGLYCOSYLATED COBALT(III)-PEPLEOMYCIN WITH DNA, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ao1

タイトル

INTERACTIONS OF DEGLYCOSYLATED COBALT(III)-PEPLEOMYCIN WITH DNA, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / ANTICANCER DRUGS / DEGLYCOSYLATED PEPLEOMYCIN / BLEOMYCINS / DNA CLEAVAGE / TWO-DIMENSIONAL NMR / SOLUTION STRUCTURES / DEOXYRIBONUCLEIC ACID

機能・相同性

COBALT (III)-DEGLYCOPEPLEOMYCIN / DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / NOE-RMD

データ登録者

Caceres-Cortes, J. / Sugiyama, H. / Ikudome, K. / Saito, I. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Interactions of deglycosylated cobalt(III)-pepleomycin (green form) with DNA based on NMR structural studies,.
著者: Caceres-Cortes, J. / Sugiyama, H. / Ikudome, K. / Saito, I. / Wang, A.H.

履歴

登録	1997年7月16日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1997年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月3日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ao1.cif.gz	20.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ao1.ent.gz	12.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ao1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ao1_validation.pdf.gz	411.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ao1_full_validation.pdf.gz	416.3 KB	表示
XML形式データ	1ao1_validation.xml.gz	3.7 KB	表示
CIF形式データ	1ao1_validation.cif.gz	3.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1ao1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/1ao1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	386d-1 1n5g-d 4hig-d 1k1r-d 1iyc-d 3q9i-1 1g80-d 5xek-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

4.82 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 1	MINIMIZED AVERAGE
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPTPAPCPG)-3') 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: DEGLYCOSYLATED PEPLEOMYCIN IS A DNA CLEAVING AGENT WITH ANTITUMOR ACTIVITY
#2: 化合物	ChemComp-PL1 / COBALT (III)-DEGLYCOPEPLEOMYCIN 分子量: 1198.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₈H₆₈CoN₁₇O₁₂S₂

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY

-
試料調製

試料状態	pH: 6.9 / 温度: 275 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian UNITY 750	Varian	UNITY 750	750	1
Varian VXR 500	Varian	VXR 500	500	2

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
X-PLOR	モデル構築
X-PLOR	精密化
X-PLOR	位相決定

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR	BRUNGER	精密化
X-PLOR		構造決定
SPEDREF		構造決定

精密化

手法: NOE-RMD / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: MINIMIZED AVERAGE / 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)