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万見
- PDB-1an9: D-AMINO ACID OXIDASE COMPLEX WITH O-AMINOBENZOATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1an9
タイトルD-AMINO ACID OXIDASE COMPLEX WITH O-AMINOBENZOATE
要素D-AMINO ACID OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD / OXIDASE / D-AMINO ACID / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Peroxisomal protein import / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-alanine catabolic process / glycine oxidase activity / L-proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / D-serine catabolic process / presynaptic active zone ...Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Peroxisomal protein import / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-alanine catabolic process / glycine oxidase activity / L-proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / D-serine catabolic process / presynaptic active zone / dopamine biosynthetic process / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / cell projection / peroxisome / extracellular region / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino acid oxidases signature. / D-amino-acid oxidase / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino acid oxidases signature. / D-amino-acid oxidase / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINOBENZOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / D-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Miura, R. / Setoyama, C. / Nishina, Y. / Shiga, K. / Mizutani, H. / Miyahara, I. / Hirotsu, K.
引用
ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1997
タイトル: Structural and mechanistic studies on D-amino acid oxidase x substrate complex: implications of the crystal structure of enzyme x substrate analog complex.
著者: Miura, R. / Setoyama, C. / Nishina, Y. / Shiga, K. / Mizutani, H. / Miyahara, I. / Hirotsu, K.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1996
タイトル: Three-Dimensional Structure of Porcine Kidney D-Amino Acid Oxidase at 3.0 A Resolution
著者: Mizutani, H. / Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Nishina, Y. / Shiga, K. / Setoyama, C. / Miura, R.
履歴
登録1997年6月28日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-AMINO ACID OXIDASE
B: D-AMINO ACID OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0716
ポリマ－77,2262
非ポリマー1,8454
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area25450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.310, 92.580, 71.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D-AMINO ACID OXIDASE


分子量: 38612.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / プラスミド: PET SYSTEM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PET / 参照: UniProt: P00371, D-amino-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-BE2 / 2-AMINOBENZOIC ACID


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 137.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 6.3
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 120MM SODIUM ACETATE, 60MM SODIUM CITRATE, 30% PEG4000, pH 6.3
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Setoyama, C., (1996) J. Biochem., 119, 1114.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13.5 mg/mlprotein1drop
2120 mMsodium acetate1drop
360 mMsodium citrate1drop
40.2 Msodium benzoate1drop
55 %PEG40001drop
6200 mMsodium acetate1reservoir
7100 mMsodium citrate1reservoir
830 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: MIRROR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 22424 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / % possible all: 73.32
反射
*PLUS
Num. measured all: 66408

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3モデル構築
X-PLOR3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AA8

1aa8
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→10 Å / Data cutoff high absF: 100000000000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2165 10 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 21755 87.5 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5458 0 126 112 5696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.522
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.85
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.561
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 219 7.07 %
Rwork0.2829 2051 -
obs--73.32 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.FADTOPOLOGY.FAD
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.ANTTOPOLOGY.ANT
X-RAY DIFFRACTION4TOPH19.PEP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.854
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.561

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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