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万見
- PDB-1amy: CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF BARLEY ALPHA-AMYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1amy
タイトルCRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF BARLEY ALPHA-AMYLASE
要素1,4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCANOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


starch catabolic process / alpha-amylase / alpha-amylase activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet / Alpha-amylase, plant / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet / Alpha-amylase, plant / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase type B isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kadziola, A. / Haser, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystal and molecular structure of barley alpha-amylase.
著者: Kadziola, A. / Abe, J. / Svensson, B. / Haser, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Characterization, Crystallization and Crystallographic Preliminary Data of the Complex between Barley Alpha-Amylase and the Bifunctional Alpha-Amylase(Slash)Subtilisin Inhibitor from Barley Seeds
著者: Vallee, F. / Kadziola, A. / Bourne, Y. / Abe, J.-I. / Svensson, B. / Haser, R.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Site-Directed Mutagenesis of Histidine 93, Aspartic Acid 180, Glutamic Acid 20 5, Histidine 290, and Aspartic Acid 291 at the Active Site and Tryptophan 279 at the Raw Starch Binding ...タイトル: Site-Directed Mutagenesis of Histidine 93, Aspartic Acid 180, Glutamic Acid 20 5, Histidine 290, and Aspartic Acid 291 at the Active Site and Tryptophan 279 at the Raw Starch Binding Site in Barley Alpha-Amylase 1
著者: Sogaard, M. / Kadziola, A. / Haser, R. / Svensson, B.
履歴
登録1994年3月10日処理サイト: BNL
改定 1.01995年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE SHEET PRESENTED AS *A* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. ...SHEET THE SHEET PRESENTED AS *A* ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A NINE-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCANOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1074
ポリマ－44,9861
非ポリマー1203
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.200, 135.200, 79.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 129

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要素

#1: タンパク質 1,4-ALPHA-D-GLUCAN GLUCANOHYDROLASE


分子量: 44986.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: P04063, alpha-amylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE STRUCTURE CAN BE DESCRIBED AS CONSISTING OF THREE DOMAINS: A CENTRAL DOMAIN (A) FORMING AN ...THE STRUCTURE CAN BE DESCRIBED AS CONSISTING OF THREE DOMAINS: A CENTRAL DOMAIN (A) FORMING AN ALPHA-BETA-8-BARREL (GLN 1 - ILE 88 AND ASN 153 - HIS 344) WITH A PROTRUDING IRREGULARLY STRUCTURED LOOP DOMAIN (B) (VAL 89 - LEU 152) AND A C-TERMINAL DOMAIN (C) (LYS 351 - ILE 403) FORMING AN ANTI-PARALLEL FIVE STRANDED BETA-SHEET. THE ACTIVE CATALYTIC SITE CLEFT (AS) HAS BEEN LOCATED TO THE C-TERMINAL END OF THE CENTRAL BETA-BARREL AROUND RESIDUES ASP 179, GLU 204 AND ASP 289. A RAW STARCH BINDING SITE (SS) HAS BEEN LOCATED AT THE SURFACE AROUND RESIDUES TRP 276 AND TRP 277.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.64 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 75 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-10 mg/mlprotein1drop
210 mMMes1drop
310 mM1dropNaOH
45 mM1dropCaCl2
50.4-1.0 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.77 Å / Num. obs: 19542 / % possible obs: 89 % / Num. measured all: 109747 / Rmerge(I) obs: 0.151

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 1
詳細: IN A FINAL 2FOBS-FCALC MAP NO DENSITY WAS SEEN FOR THE SIDE CHAINS OF LYS 158, TYR 378, AND LYS 389.
Rfactor反射数
Rwork0.153 -
obs0.153 18303
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3184 0 3 152 3339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.92 Å / Num. reflection obs: 1386 / Rfactor obs: 0.233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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