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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1amr | ||||||
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タイトル | X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF PYRIDOXAMINE 5'-PHOSPHATE-TYPE ASPARTATE AMINOTRANSFERASES FROM ESCHERICHIA COLI IN THREE FORMS | ||||||
要素 | ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE(AMINOTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1994 タイトル: X-ray crystallographic study of pyridoxamine 5'-phosphate-type aspartate aminotransferases from Escherichia coli in three forms. 著者: Miyahara, I. / Hirotsu, K. / Hayashi, H. / Kagamiyama, H. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: X-Ray Crystallographic Study of Pyridoxal 5'-Phosphate-Type Aspartate Aminotransferase from Esherichia Coli in Open and Closed Form 著者: Okamoto, A. / Higuchi, T. / Hirotsu, K. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1amr.cif.gz | 95 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1amr.ent.gz | 71.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1amr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1amr_validation.pdf.gz | 396.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1amr_full_validation.pdf.gz | 404.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1amr_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1amr_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1amr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/1amr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 138 / 2: CIS PROLINE - PRO 195 | ||||||||
詳細 | THE FUNCTIONAL DIMER CAN BE GENERATED BY APPLYING THE SYMMETRY OPERATOR (X, -Y, -Z) TO THE ATOMIC COORDINATES PRESENTED IN THIS ENTRY. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43619.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00509, aspartate transaminase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PMP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MAE / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 30641 / Num. measured all: 98558 / Rmerge(I) obs: 0.0682 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→10 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.787 |