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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aly | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD40 LIGAND | ||||||
![]() | CD40 LIGAND | ||||||
![]() | CYTOKINE / CD40L / CD40 LIGAND / TNF / HYPER-IGM SYNDROME | ||||||
機能・相同性 | ![]() CD40 receptor binding / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation ...CD40 receptor binding / CD40 signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-12 production / protein serine/threonine kinase activator activity / B cell differentiation / cytokine activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / integrin-mediated signaling pathway / platelet activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / integrin binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / inflammatory response / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / extracellular space / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Karpusas, M. / Hsu, Y.M. / Thomas, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: 2 A crystal structure of an extracellular fragment of human CD40 ligand. 著者: Karpusas, M. / Hsu, Y.M. / Wang, J.H. / Thompson, J. / Lederman, S. / Chess, L. / Thomas, D. #1: ![]() タイトル: Erratum. 2 A Crystal Structure of an Extracellular Fragment of Human Cd40 Ligand 著者: Karpusas, M. / Hsu, Y.M. / Wang, J.H. / Thompson, J. / Lederman, S. / Chess, L. / Thomas, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 365.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 373.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1cdaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THE ACTIVE MOLECULE IS A TRIMER GENERATED BY APPLYING THE THREE-FOLD SYMMETRY AROUND THE C AXIS. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15812.817 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.4 M NA CITRATE, 50 MM HEPES PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年1月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→100 Å / Num. obs: 42587 / % possible obs: 77.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.71 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 46.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 15693 / Num. measured all: 42587 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 46.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CDA 解像度: 2→7.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.0002 / Data cutoff high absF: 10000000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→7.5 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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