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- PDB-1aly: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD40 LIGAND -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aly
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CD40 LIGAND
要素CD40 LIGAND
キーワードCYTOKINE / CD40L / CD40 LIGAND / TNF / HYPER-IGM SYNDROME
機能・相同性
機能・相同性情報


CD40 receptor binding / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation ...CD40 receptor binding / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of T cell proliferation / B cell differentiation / cytokine activity / : / integrin-mediated signaling pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / platelet activation / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / cell surface / Golgi apparatus / : / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD40 ligand / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls ...CD40 ligand / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Karpusas, M. / Hsu, Y.M. / Thomas, D.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: 2 A crystal structure of an extracellular fragment of human CD40 ligand.
著者: Karpusas, M. / Hsu, Y.M. / Wang, J.H. / Thompson, J. / Lederman, S. / Chess, L. / Thomas, D.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Erratum. 2 A Crystal Structure of an Extracellular Fragment of Human Cd40 Ligand
著者: Karpusas, M. / Hsu, Y.M. / Wang, J.H. / Thompson, J. / Lederman, S. / Chess, L. / Thomas, D.
履歴
登録1997年6月5日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD40 LIGAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8131
ポリマ－15,8131
非ポリマー00
水1,15364
1
A: CD40 LIGAND

A: CD40 LIGAND

A: CD40 LIGAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4383
ポリマ－47,4383
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.170, 77.170, 90.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細THE ACTIVE MOLECULE IS A TRIMER GENERATED BY APPLYING THE THREE-FOLD SYMMETRY AROUND THE C AXIS.

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要素

#1: タンパク質 CD40 LIGAND


分子量: 15812.817 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: BLOOD / Cell: T-LYMPHOCYTE / 細胞株: PICHIA PASTORIS / 細胞内の位置: MEMBRANE / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P29965
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.4 M NA CITRATE, 50 MM HEPES PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
20.5 mMCD40L1drop
30.144 M1dropNa2HPO4
40.056 M1dropNa2HPO4/H2O
51.5 M1dropNaCl
61.4 MNa-citrate1reservoir
750 mMNa-HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年1月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→100 Å / Num. obs: 42587 / % possible obs: 77.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.71 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 46.1
反射
*PLUS
Num. obs: 15693 / Num. measured all: 42587
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 46.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
BUDDHAデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
BUDDHAデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CDA

1cda


解像度: 2→7.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.0002 / Data cutoff high absF: 10000000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1099 10 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 10990 82.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1374 0 0 192 1566
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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