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- PDB-1al1: CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA1: IMPLICATIONS FOR PROTEIN DESIGN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1al1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA1: IMPLICATIONS FOR PROTEIN DESIGN
要素ALPHA HELIX PEPTIDE: ELLKKLLEELKG
キーワードSYNTHETIC PROTEIN MODEL
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hill, C.P. / Anderson, D.H. / Wesson, L. / Degrado, W.F. / Eisenberg, D.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Crystal structure of alpha 1: implications for protein design.
著者: Hill, C.P. / Anderson, D.H. / Wesson, L. / DeGrado, W.F. / Eisenberg, D.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1986
タイトル: The Design, Synthesis, and Crystallization of an Alpha-Helical Peptide
著者: Eisenberg, D. / Wilcox, W. / Eshita, S.M. / Pryciak, P.M. / Ho, S.P.
履歴
登録1990年7月2日処理サイト: BNL
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA HELIX PEPTIDE: ELLKKLLEELKG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5382
ポリマ－1,4421
非ポリマー961
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: ALPHA HELIX PEPTIDE: ELLKKLLEELKG
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,22712
ポリマ－8,6516
非ポリマー5766
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation13_455y-1/4,x+1/4,-z+1/41
crystal symmetry operation19_555-x+3/4,-z+3/4,-y+3/41
crystal symmetry operation22_564z+1/4,-y+5/4,x-1/41
Buried area6410 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area4500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.350, 62.350, 62.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-13-

SO4

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA HELIX PEPTIDE: ELLKKLLEELKG


分子量: 1441.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.91 %
結晶化
*PLUS
温度: 30 ℃ / pH: 3.24 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlpeptide1drop
280 %satammonium sulfate1reservoir
30.05 Msodium citrate1reservoir
40.005 mg/ml1reservoirNaN3

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.7→10 Å / Rfactor all: 0.255 / Rfactor obs: 0.211 / Data cutoff high absF: 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数95 0 5 0 100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.044
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / Rfactor all: 0.255 / Rfactor obs: 0.211
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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