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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aky | ||||||
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タイトル | HIGH-RESOLUTION STRUCTURES OF ADENYLATE KINASE FROM YEAST LIGATED WITH INHIBITOR AP5A, SHOWING THE PATHWAY OF PHOSPHORYL TRANSFER | ||||||
![]() | ADENYLATE KINASE![]() | ||||||
![]() | TRANSFERASE (PHOSPHOTRANSFERASE) / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Abele, U. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: High-resolution structures of adenylate kinase from yeast ligated with inhibitor Ap5A, showing the pathway of phosphoryl transfer. 著者: Abele, U. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Stability, Activity and Structure of Adenylate Kinase Mutants 著者: Spuergin, P. / Abele, U. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: The C-DNA Sequence Encoding Cytosolic Adenylate Kinase from Baker'S Yeast (Saccharomyces Cerevisiae) 著者: Proba, K. / Tomasselli, A.G. / Nielsen, P. / Schulz, G.E. #3: ![]() タイトル: Structure of the Complex of Yeast Adenylate Kinase with the Inhibitor Ap5A at 2.6 Angstroms Resolution 著者: Egner, U. / Tomasselli, A.G. / Schulz, G.E. #4: ![]() タイトル: The Complete Amino Acid Sequence of Adenylate Kinase from Baker'S Yeast 著者: Tomasselli, A.G. / Mast, E. / Janes, W. / Schiltz, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 92 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 24068.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: FALA STRASBOURG / 細胞内の位置: CYTOSOL ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-AP5 / |
#3: 化合物 | ChemComp-IMD / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 46 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化![]() | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.54 |
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検出器 | タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 最高解像度: 1.63 Å / Num. obs: 27634 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Rmerge(I) obs: 0.076 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.63→10 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |