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- PDB-1akg: ALPHA-CONOTOXIN PNIB FROM CONUS PENNACEUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1akg
タイトルALPHA-CONOTOXIN PNIB FROM CONUS PENNACEUS
要素ALPHA-CONOTOXIN PNIB
キーワードACETYLCHOLINE RECEPTOR ANTAGONIST / ALPHA-CONOTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin PnIB
類似検索 - 構成要素
生物種Conus pennaceus (アジロイモ)
手法X線回折 / DIRECT METHOD / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Hu, S.-H. / Martin, J.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structure at 1.1 A resolution of alpha-conotoxin PnIB: comparison with alpha-conotoxins PnIA and GI.
著者: Hu, S.H. / Gehrmann, J. / Alewood, P.F. / Craik, D.J. / Martin, J.L.
#1: ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 1994
タイトル: Snb: Crystal Structure Determination Via Shake-and-Bake
著者: Miller, R. / Gallo, S.M. / Khalak, H.G. / Weeks, C.M.
履歴
登録1997年5月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月4日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年6月10日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CONOTOXIN PNIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6411
ポリマ－1,6411
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)14.600, 26.100, 29.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-CONOTOXIN PNIB


分子量: 1640.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: BIOLOGICALLY ACTIVE MOLECULE / 由来: (合成) Conus pennaceus (アジロイモ) / 参照: UniProt: P50985
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 24 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 1.0 M NA FORMATE, pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 14 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: macro-seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlPnIB1drop
21.0 Msodium formate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 286 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月1日 / 詳細: MIRROR-FOCUSSED
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 4483 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 6 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 74
反射
*PLUS
Num. measured all: 39641 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.14 Å / % possible obs: 73.8 % / Rmerge(I) obs: 0.311

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHAKE-N-BAKEモデル構築
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SHAKE-N-BAKE位相決定
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHOD / 解像度: 1.1→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.15 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.157 351 10 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.147 3370 70 %-
原子変位パラメータBiso mean: 7.5 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.15 Å0.15 Å
Luzzati d res low-6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数111 0 0 23 134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.71.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.72
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.42.5
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.15 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.185 18 3 %
Rwork0.239 167 -
obs--31 %
Xplor file
Refine-IDSerial noTopol fileParam file
X-RAY DIFFRACTION1TOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION2
X-RAY DIFFRACTION3TOPHCSDX.PROPARHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 4365 / Rfactor all: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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