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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aj9 | ||||||
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タイトル | R-STATE HUMAN CARBONMONOXYHEMOGLOBIN ALPHA-A53S | ||||||
要素 |
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キーワード | OXYGEN TRANSPORT / HEMOGLOBIN / MUTANT / ALPHA-A53S / CARBOXYHEMOGLOBIN / CARBONMONOXIDE / CARBONMONOXYHEMOGLOBIN / CARBONMONOXY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / regulation of blood pressure / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / platelet aggregation / oxygen binding / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / tertiary granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Vasquez, G.B. / Ji, X. / Fronticelli, C. / Gilliland, G.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998 タイトル: Human carboxyhemoglobin at 2.2 A resolution: structure and solvent comparisons of R-state, R2-state and T-state hemoglobins. 著者: Vasquez, G.B. / Ji, X. / Fronticelli, C. / Gilliland, G.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1aj9.cif.gz | 76.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1aj9.ent.gz | 56.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1aj9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/1aj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/1aj9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1hcoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 15166.353 Da / 分子数: 1 / 変異: A53S / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTDATED BLOOD FROM THE BALTIMORE BLOOD BANK / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P69905 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUTDATED BLOOD FROM THE BALTIMORE BLOOD BANK / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: ERYTHROCYTE / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P68871 |
-非ポリマー , 4種, 243分子
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 手法: batch method / pH: 6.7 詳細: PROTEIN WAS BATCH CRYSTALLIZED IN 2.5 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.7, AND 1% (W/V) CARBOXYHEMOGLOBIN., batch method | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年4月1日 / 詳細: MONOCHROMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→6 Å / Num. obs: 12412 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 66 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 59019 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 66 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HCO 解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.05 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: GPRLSA / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.155 / Rfactor Rwork: 0.155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |